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J-GLOBAL ID：202102285725792835   整理番号：21A2844080

米国におけるHIV-1サブタイプBスプレッドの共変量の探索-大規模Bayes系統地理学の注意物語【JST・京大機械翻訳】

In Search of Covariates of HIV-1 Subtype B Spread in the United States-A Cautionary Tale of Large-Scale Bayesian Phylogeography

著者 (11件)： Hong Samuel L. (Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute for Medical Research, KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium) ,  Dellicour Simon (Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute for Medical Research, KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium) ,  Dellicour Simon (Spatial Epidemiology Lab (SpELL), Universite Libre de Bruxelles, 1050 Brussels, Belgium) ,  Vrancken Bram (Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute for Medical Research, KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium) ,  Suchard Marc A. (Department of Biomathematics, David Geffen School of Medicine at UCLA, University of California, Los Angeles, CA 90095, USA) ,  Suchard Marc A. (Department of Human Genetics, David Geffen School of Medicine at UCLA, University of California, Los Angeles, CA 90095, USA) ,  Suchard Marc A. (Department of Biostatistics, Fielding School of Public Health, University of California, Los Angeles, CA 90095, USA) ,  Pyne Michael T. (ARUP Institute for Clinical and Experimental Pathology, Salt Lake City, UT 84108, USA) ,  Hillyard David R. (Department of Pathology, University of Utah, Salt Lake City, UT 84112, USA) ,  Lemey Philippe (Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute for Medical Research, KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium) ,  Baele Guy (Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute for Medical Research, KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium)
資料名： Viruses (Web)  (Viruses (Web))
巻： 12  号： 2  ページ： 182  発行年： 2020年 
JST資料番号： U7293A  ISSN： 1999-4915  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： HIV-1群MサブタイプBウイルスによる感染は,西部世界におけるHIV流行の大多数を占める。地理的研究は,1970年頃にニューヨークにおける米国におけるサブタイプBの導入を配置し,そこで,それは拡大の主要な発生源に成長した。現在,1百万人以上の人々が米国のHIVで生活しており,その多くはサブタイプB変異体に感染していると推定される。ここでは,2004年から2011年の間の45州からの薬剤耐性試験のために収集した23,588のpol配列の収集を分析することによって,米国におけるHIV-1サブタイプB分散のドライバーを同定することを狙った。この目的のために,著者らは,より計算可能なサンプルサイズにこの大きなデータ収集を縮小するためのワークフローを導入し,BEASTフレームワークを適用して,どの共変量が状態境界を横切るHIV-1の広がりと関連するかを試験した。結果は,10,000までのシーケンスのデータセットを横断して,合理的な実行時間の下で,ある程度の拡散の予測子を一貫して同定できることを示した。しかし,系統発生構造の一般的欠如とHIV樹に関連する高い不確実性は,拡散のドライバーの疫学的関連性を解釈するのを困難にする。ここで提示したワークフローは,類似のスケールの他のウイルスデータセットに適用できるが,HIV-1系統発生の特徴的な星型形状は,USにおけるHIV-1サブタイプBの詳細な進化および空間的歴史を再構成する重大な障害を提起する。Copyright 2021 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 不確実性 ,  系統発生 ,  地理学 ,  スプレッド ,  再構成 ,  疫学 ,  データ収集 ,  ニューヨーク州 ,  *HIV【ウイルス】 ,  ワークフロー ,  *HIV1
準シソーラス用語： 予測子 ,  発生源 ,  薬剤耐性検査 ,  *共変量 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： HIV ,  BEAST ,  BEAGLE ,  系統地理学 ,  系統力学 ,  普及 ,  共変量 ,  予測因子

分類 (5件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  感染症・寄生虫症の診断  (GD01020S)

引用文献 (47件)：

• Koboldt, D.C.; Steinberg, K.M.; Larson, D.E.; Wilson, R.K.; Mardis, E.R. The next-generation sequencing revolution and its impact on genomics. Cell 2013, 155, 27-38.
• Kao, R.R.; Haydon, D.T.; Lycett, S.J.; Murcia, P.R. Supersize me: How whole-genome sequencing and big data are transforming epidemiology. Trends Microbiol. 2014, 22, 282-291.
• Volz, E.M.; Romero-Severson, E.; Leitner, T. Phylodynamic Inference across Epidemic Scales. Mol. Biol. Evol. 2017, 34, 1276-1288.
• Vrancken, B.; Rambaut, A.; Suchard, M.A.; Drummond, A.; Baele, G.; Derdelinckx, I.; Van Wijngaerden, E.; Vandamme, A.M.; Van Laethem, K.; Lemey, P. The genealogical population dynamics of HIV-1 in a large transmission chain: Bridging within and among host evolutionary rates. PLoS Comput. Biol. 2014, 10, e1003505.
• Grenfell, B.T.; Pybus, O.G.; Gog, J.R.; Wood, J.L.N.; Daly, J.M.; Mumford, J.A.; Holmes, E.C. Unifying the epidemiological and evolutionary dynamics of pathogens. Science 2004, 303, 327-332.

タイトルに関連する用語 (9件)： 米国 ,  サブタイプ ,  スプレッド ,  共変量 ,  探索 ,  大規模 ,  系統地理学 ,  注意 ,  物語