特許

J-GLOBAL ID：202103012216095692

集積集合データの製造装置、製造方法、プログラム、および記録媒体

発明者： 中谷 明弘 ,  小林 香織 ,  竹之内 隆夫 ,  上條 憲一
出願人/特許権者： 日本電気株式会社 ,  国立大学法人大阪大学
代理人 (2件)： 辻丸 光一郎 ,  伊佐治 創
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2019-113456
公開番号（公開出願番号）：特開2020-202810
出願日： 2019年06月19日
公開日（公表日）： 2020年12月24日
要約：

【課題】変異の数が増加しても、変異間の連鎖不平衡等の関係性を容易に読み取れる、変異に関する新たなデータの製造装置の提供。【解決手段】集積集合データの製造装置において、取得部は、参照配列と検体群の複数の検体配列とを取得し、走査部は、検体群の検体配列について、各位置の核酸情報を、それぞれまとめて1つの集合とし、上流側から下流側に向かって、各位置の集合について、前記参照配列の核酸情報に対する変異の有無を示す変異パタンを走査し、集積部は、走査において、上流側の集合と下流側の集合とが集積条件を満たすか否かを、順次判定し、集積条件を満たす場合、上流側の集合に下流側の集合を追加して、複数の集合を含む集積集合とし、集積条件を満たさない場合、下流側の集合の追加を中止し、上流側の集合に追加されず、且つ、下流側の集合が追加されない集合を単独の集積集合とする集積集合データの製造装置。【選択図】図1

請求項（抜粋）：

取得部、走査部、および集積部を含み、 前記取得部は、 参照配列と、検体群の複数の検体配列とを取得し、 前記参照配列は、連続する位置のそれぞれに対応して核酸情報が並んだ配列であり、 前記検体配列は、前記検体群に含まれる各検体の検体配列であり、前記参照配列の連続する位置のそれぞれに対応して核酸情報が並んだ配列であり、 前記走査部は、 前記検体群の検体配列について、各位置の核酸情報を、それぞれまとめて1つの集合とし、上流側から下流側に向かって、各位置の集合について、前記参照配列の核酸情報に対する変異の有無を示す変異パタンを走査し、 前記集積部は、 前記走査において、上流側の集合と下流側の集合とが集積条件を満たすか否かを、順次判定し、 前記集積条件を満たす場合、上流側の集合に下流側の集合を追加して、複数の集合を含む集積集合とし、 前記集積条件を満たさない場合、下流側の集合の追加を中止し、 上流側の集合に追加されず、且つ、下流側の集合が追加されない集合を、単独の集積集合とし、 前記集積条件は、位置間の任意の関係情報に関する変異パタンの共通性に基づく条件であり、 前記集積部の集積集合化によって、前記検体群の位置間における前記関係情報の関係性が前記集積集合として表された、集積集合データが製造される、ことを特徴とする集積集合データの製造装置。

IPC (1件)：

C12M 1/00

FI (1件)：

C12M1/00 A

Fターム (12件)：

4B029AA23 ,  4B029AA27 ,  4B029BB20 ,  4B029FA15 ,  4B063QA20 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ52 ,  4B063QR32 ,  4B063QR35 ,  4B063QS07 ,  4B063QS39 ,  4B063QX01