ウイルス由来の治療剤を解析する方法

発明者： , , ,
出願人/特許権者： ,
代理人 (5件)：山本秀策 , 森下夏樹 , 飯田貴敏 , 石川大輔 , 山本健策
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2018-525528
特許番号：特許第6907202号
出願日： 2016年07月29日
請求項（抜粋）：

【請求項1】ポリオウイルス由来の治療剤を、ポリオウイルス配列改変体についてアッセイする方法であって、 RNAを、マスターウイルスバンクまたはワーキングセルバンクから抽出するステップであって、前記マスターウイルスバンクまたは前記ワーキングセルバンクが、前記ポリオウイルス由来の治療剤を含有する宿主細胞を含む、ステップと; 前記抽出されたRNAを、宿主細胞ゲノムDNAおよび宿主細胞ミトコンドリアDNAは実質的に消化するが、ウイルスRNA分子は実質的に消化しない、2U/μlで4UのDNアーゼと、37°Cで20〜40分間にわたり接触させ、これにより、濃縮されたウイルスRNAを生成するステップと; 前記DNアーゼを不活化するステップと; オリゴ(dT)xプライマーを使用して、二本鎖cDNAを、前記濃縮されたウイルスRNAから作製し、これにより、ウイルス二本鎖cDNAを生成するステップと; 前記ウイルス二本鎖cDNAを増幅するステップと; 前記ウイルス二本鎖cDNAを定量化するステップと; 前記二本鎖cDNAをランダムに断片化して、cDNA断片を作製し、5’アダプターおよび3’アダプターを、前記cDNA断片へとライゲーションして、アダプターをライゲーションされたcDNA断片を作製し、前記アダプターをライゲーションされたcDNA断片を増幅して、シーケンシングライブラリーを作製することにより、前記シーケンシングライブラリーを、500pg〜1ngの前記ウイルス二本鎖cDNAから作製するステップと; クローン増幅されたシーケンシングライブラリーを作製するように、前記5’アダプターおよび前記3’アダプターと相補的な、表面結合または粒子結合オリゴヌクレオチドを使用して、前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅するステップと; 複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、パラレルシングルエンドまたはペアドエンドシーケンシングを使用して、前記クローン増幅されたシーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと; 前記複数の配列リードを、前記ポリオウイルス由来の治療剤の基準ポリオ配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと; ポリオウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップとを含む、方法。

IPC (9件)：

C12Q 1/6869 ( 201 8.01) , C12Q 1/6809 ( 201 8.01) , C12Q 1/6855 ( 201 8.01) , C12Q 1/70 ( 200 6.01) , C12N 15/09 ( 200 6.01) , A61K 35/76 ( 201 5.01) , A61P 37/04 ( 200 6.01) , A61K 39/12 ( 200 6.01) , A61K 39/13 ( 200 6.01)

FI (9件)：

C12Q 1/686 ZNA Z , C12Q 1/680 Z , C12Q 1/685 Z , C12Q 1/70 , C12N 15/09 Z , A61K 35/76 , A61P 37/04 , A61K 39/12 , A61K 39/13

引用文献：

審査官引用 (4件)

ウイルス分野における次世代DNAシークエンサーの活用次世代シークエンサーによるポリオウイルス変異率の解
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