OTTRを用いた酵母およびマウスtRNAおよびtRNAフラグメントの深部配列決定【JST・京大機械翻訳】

Gustafsson, T.; Galan, C.; Yu, T.; Upton, H.; Ferguson, L.; Kaymak, E.; Weng, Z.; Collins, K.; Rando, O.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200037520148 整理番号：22P0314416

OTTRを用いた酵母およびマウスtRNAおよびtRNAフラグメントの深部配列決定【JST・京大機械翻訳】

Deep sequencing of yeast and mouse tRNAs and tRNA fragments using OTTR

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (9件)： , , , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年02月04日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月04日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細胞におけるRNAの主要なクラスの中で,tRNAは,tRNA二次構造およびヌクレオチド修飾が,通常使用される逆転写酵素(RT)によるcDNA合成を妨害することができるので,深い配列決定アプローチを介して特性化するのが最も困難である。ここでは,出芽酵母およびマウス組織における無傷tRNAおよびtRNAフラグメントを特性化するため,最近開発したRNAクローニングプロトコル,すなわち,規則化2テムプレートリレー(OTTR)と名付けた。OTTRは出芽酵母及びマウス精巣において完全長tRNAをロバストに捕捉し,既知の障壁-1-メチルグアニン,N2,N2-ジメチルグアニン及び1-メチルアデニン-から典型的な逆転写酵素への比較的低レベルの早期停止を示した。さらに,これらおよびいくつかの他のヌクレオチド修飾は,追加のプロトコル段階なしでそれらの検出を可能にする,OTTRデータセットにおける誤取り込みシグネチャを残す。tRNA切断産物のような小RNAの分析で,OTTRをいくつかの標準小RNA-Seqプロトコルと比較し,OTTRが「グランドトルース」ノーザンブロットと比較してtRNAフラグメントレベルの最も正確な画像を提供することを見出した。このプロトコルを成熟マウス精子に適用することにより,我々のデータは成熟哺乳類精子の低分子RNAカーゴの理解を劇的に変化させ,以前に認識されたtRNAの大多数に由来する5及び3tRNA半分を含むtRFsのはるかに複雑な集団を明らかにした。まとめると,著者らのデータは,tRNA断片の分析における市販プロトコルに対するOTTRの優れた性能を確認し,精子小RNAペイロードの潜在的エピジェネティック機能の再現力を示した。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , , , ,
, 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 酵素一般 , 分子遺伝学一般 , 微生物の生化学 , 細胞生理一般

, , , ,

前のページに戻る