Pout2Prot:パーコレータ出力ファイルから蛋白質(サブ)グループを生成する効率的なツール【JST・京大機械翻訳】

Schallert, K.; Verschaffelt, P.; Mesuere, B.; Benndorf, D.; Martens, L.; Van Den Bossche, T.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200121643638 整理番号：21P0263340

Pout2Prot:パーコレータ出力ファイルから蛋白質(サブ)グループを生成する効率的なツール【JST・京大機械翻訳】

Pout2Prot: an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator output files

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発行年： 2022年01月26日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月26日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

メタプロテオミクスにおいて,微生物群落の集団プロテオームの研究,蛋白質推論問題は単一種プロテオミクスより挑戦的である。実際,ペプチド配列は同一種の多重蛋白質または蛋白質イソ型に存在するだけでなく,近縁種由来の相同蛋白質でも存在する。微生物種の分類学と機能を割り当てるために,プラファンのような特殊なツールを開発した。しかし,このツールは,パーコレータのような後処理ツールと直接互換性がない。本稿では,Pout2Prot(Pout2Prot)を提示し,これは多重実験からPercolator出力(pout)ファイルを採り,蛋白質グループと蛋白質サブグループ出力ファイル(tsv)を作成し,これはプラファンで直接使用できる。異なるグループ化戦略を検討し,多様な異なるアプローチを提供する先進的蛋白質グループ化アルゴリズムを開発するための既存の蛋白質グループ化ツールを比較し,多重ファイルのグループ化を可能にし,蛋白質(サブ)グループに対する加重スペクトル計数を用いて豊度を反映する。Pout2Protは,https://pout2prot.ugent.beでのWebアプリケーションとして利用可能であり,スタンドアロンコマンドラインツールおよび再利用可能なソフトウェアライブラリとしてpipを介して設置可能である。すべてのコードはApache License2.0の下でオープンソースであり,https://github.com/compomics/pout2protで利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子構造 , 蛋白質・ペプチド一般

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