A-to-I編集検出のための二本鎖RNAの予測値【JST・京大機械翻訳】

Eran, A.; Shur, G.; Tamir, Y.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200251688390 整理番号：22P0313787

A-to-I編集検出のための二本鎖RNAの予測値【JST・京大機械翻訳】

The predictive value of double-stranded RNA for A-to-I editing detection

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発行年： 2022年01月31日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月31日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

トランスクリプトーム可塑性に寄与する多くの過程に重要な反応である構造化された抽象O_ST_ABSMotivationC_ST_ABSAdenosine-to-イノシン(A-to-I)RNA編集は,トランスクリプトームを通して広く一般的であり,計算され,計算可能な特徴的なゲノム特性の欠如により予測が困難である。この例外はRNA分子の二次構造であり,A-to-Iエディティングに関与する酵素の選択性と特異性に主要な影響を与えることが示されている。しかし,この情報は編集サイト予測のタスクにはほとんど使用されていない。結果:ここでは,RNAヌクレオチドの塩基対形成確率を用いて,A-to-I RNA編集部位としてゲノム部位を分類し,将来のモデルの訓練で利用できる大規模真実データを用いて,ゲノム部位を分類した。この解析は,推定編集サイトの-2(上流)から+1(下流)までの4つの塩基のスパンが,この点で最も有益であることを示唆する。ベースペアリング確率のみに訓練された分類器は,0.68の正の予測値(PPV),0.64の負の予測値(NPV),および0.71の受信者動作特性曲線(AUC)の下の面積で行われた。A-to-I RNA編集部位を検出し,それらの予測値を定量化するための有益な構造関連特徴を同定することにより,本研究はA-to-I編集決定因子の理解を深める。アベイラビリティAllソースコードとデータは,https://github.com/Ally s Lab/P BEPで利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子遺伝学一般

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