プレプリント
J-GLOBAL ID:202202200307596010   整理番号:22P0031621

非分子系統学的情報を用いて不完全系統発生を拡大するための一般化フレームワーク,randtip【JST・京大機械翻訳】

randtip, a generalized framework to expand incomplete phylogenies using non-molecular phylogenetic information
著者 (3件):
資料名:
発行年: 2022年04月29日  プレプリントサーバーでの情報更新日: 2022年04月29日
JST資料番号: O7001B  資料種別: プレプリント
記事区分: プレプリント  発行国: アメリカ合衆国 (USA)  言語: 英語 (EN)
抄録/ポイント:
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O_LIは,分子情報のアベイラビリティを増加させるので,種の進化的関係の理解を非先行レベルに持ち上げる。しかし,世界の生物多様性の現在の推定は,すべての現存する種の約5つはまだ記述されていないことを示唆しており,多くの既知の種に対する分子情報はまだ不足している。したがって,進化生物学者は,長期にわたって系統発生的不確実性に取り組む必要がある。C_LIO_LIは,非分子系統発生情報に基づく系統学を拡大するためのソフトウェアの開発を urげ,一方,利用可能なツールは,いくつかの貴重な特徴を提供し,主要な欠点が持続し,そして,提案された解決策のいくつかは,生物のどんなグループにもほとんど一般化できない。C_LIO_LIHere,不完全分子系統学を拡張するための完全に一般化され柔軟なフレームワークを提示した。フレームワークは,系統発生学的情報の主要な供給源として分類学的ランクを用いる,完全にカスタマイズ可能な自動手順を通して,バックボーン系統学において系統発生的に不確実な分類群をランダムに結合するように設計された機能のツールキットであるRパッケージランドチップに実装される。C_LIO_LIAlthough randtipは,種およびバックボーンツリーのリストのみを用いて,生物の任意のグループに対して完全手術系統を自動生成することができ,系統発生のブラインド拡大(ランドチップまたは他の利用可能なソフトウェアを使用する)が,しばしば最適以下の解を導くことを強調する。したがって,詳細なステップバイステップワークフローを含むツリーを最適に拡張するために,デフォルト設定を超えてカスタム化シミュレーションパラメータを必要とするかもしれない様々な環境について議論する。C_LIO_LIPhylogenetic不確実性は注意して取り組むべきであり,潜在的落とし穴を評価し,シミュレーションの打ち上げ前にパラメータ空間を最適化する機会を評価すべきである。賢明なことに,著者らのフレームワークは,不完全な分子系統を効率的に拡大して,それによって定量分析における系統発生的不確実性を説明する進化生物学者を助けるであろう。C_LI_LI。【JST・京大機械翻訳】
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分類 (1件):
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進化論一般 
タイトルに関連する用語 (5件):
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