単一細胞CRISPRスクリーンのための指数ファミリー測定誤差モデル【JST・京大機械翻訳】

Barry Timothy; Roeder Kathryn; Katsevich Eugene

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200352415921 整理番号：22P0024116

単一細胞CRISPRスクリーンのための指数ファミリー測定誤差モデル【JST・京大機械翻訳】

Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (3件)： , ,
資料名：
発行年： 2022年01月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2024年03月12日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

CRISPRゲノム工学と単一細胞RNA配列決定は,生物学的発見を加速した。単細胞CRISPRスクリーンは,これらの2つの技術を統合し,個々の細胞における遺伝的摂動を,遺伝子発現の変化および病気の根底にある調節ネットワークに結びつける。それらの有望性にもかかわらず,単一細胞CRISPRスクリーンは実質的な統計的課題を示す。著者らは,単一セルCRISPRスクリーンにおける推定と推論のための標準法が,固有で挑戦的な選択パラメータの関数として減衰バイアスとバイアス-分散トレードオフを示す,理論的および実際のデータ解析を通して実証した。これらの困難を克服するため,単一セルCRISPRスクリーン分析のための新しい方法であるGLM-EIV(”GLMベースエラーイン変数”)を導入した。GLM-EIVは,古典的エラーイン変数モデルを,指数的ファミリー分布であり,また,同じセットの交絡変数によって潜在的に影響を受ける,応答および雑音のある予測子に拡張した。クラウド(例えば,Microsoft Azure)と高性能クラスタ上の数百のプロセッサを横断してGLM-EIVを展開するための計算インフラストラクチャを開発した。このインフラストラクチャを分割して,GLM-EIVを適用して,2つの最近の大規模単一セルCRISPRスクリーンデータセットを分析し,いくつかの新しい洞察を得た。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , ,
, , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝学研究法 , 分子・遺伝情報処理 , 遺伝子の構造と化学 , 遺伝子操作

, , , , ,

前のページに戻る