Parchmentグルタミン指数(PQI):低品質MALDI-TOFデータから得たパーチメントコラーゲン中のグルタミン脱アミド化レベルを推定するための新規方法【JST・京大機械翻訳】

Nair, B.; Palomo, I. R.; Markussen, B.; Wiuf, C.; Fiddyment, S.; Collins, M. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200371289678 整理番号：22P0317995

Parchmentグルタミン指数(PQI):低品質MALDI-TOFデータから得たパーチメントコラーゲン中のグルタミン脱アミド化レベルを推定するための新規方法【JST・京大機械翻訳】

Parchment Glutamine Index (PQI): A novel method to estimate glutamine deamidation levels in parchment collagen obtained from low-quality MALDI-TOF data

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発行年： 2022年09月30日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年09月30日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Parchmentは,中期年齢の書き込み材料として用い,Ca(OH)_2でそれらを石灰することにより,動物皮膚を用いて作成した。石灰(Q)を含むコラーゲンペプチドは脱アミドを受け,0.984Daの質量シフトをもたらした。脱アミドの程度をssessingめることは,約束生産パターンと品質を知らせる。本研究では,MALDIpqiと呼ばれるRパッケージとして開発した簡単な3段階ワークフローを提案し,低解像度MALDI-TOFスペクトルを用いて,羊膜由来コラーゲンの脱アミドを推定した。前処理生スペクトルの後,著者らは7つのコラーゲン-ペプチド標識のために畳み出された同位体エンベロープからのQ脱アミドレベルを推定するために,加重最小二乗線形回帰を使用した。最後に,線形混合効果モデルを用いて,Parchment Glutamine Index(PQI)と呼ばれるパチメント試料の全体的な脱アミドレベルを予測した。ワークフローのロバスト性をテストするために,ベルギーのOrval AbbeyのCistercian monaseryのほぼ全ライブラリーから生成された以前に発表されたZooMSデータにMALDIpqiを適用した。PQIを確かに予測することに加えて,著者らは,羊皮生産に関連する興味深いパターンを観察した。MALDIpqiは,骨のようなコラーゲンを含む生物学および他の考古学的研究に対する優れた可能性を保持しているが,食品および生物医学産業におけるその応用も予見する。【JST・京大機械翻訳】

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有機化合物の物理分析 , 蛋白質・ペプチド一般

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