プロファージの世界的多様性と分布はRalstonia solanacearum植物病原性細菌種複合体内の系統特異的である【JST・京大機械翻訳】

Greenrod, S. T.; Stoycheva, M.; Elphinstone, J.; Friman, V.-P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200592506835 整理番号：21P0270169

プロファージの世界的多様性と分布はRalstonia solanacearum植物病原性細菌種複合体内の系統特異的である【JST・京大機械翻訳】

Global diversity and distribution of prophages are lineage-specific within the Ralstonia solanacearum plant pathogenic bacterium species complex

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発行年： 2022年02月04日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月04日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Ralstonia solanacearumは破壊的植物病原性細菌であり,細菌萎凋病の原因菌であり,世界中の200植物種に感染する。染色体遺伝子に加えて,その毒性は,バクテリオファージ,すなわち,適応関連補助遺伝子を運ぶか,または宿主遺伝子発現を調節することができるプロファージの統合DNAを含む移動性遺伝要素によって媒介される。実験的研究は,R.solanacearum病原性を形成するいくつかのプロファージを特性化したが,R.solanacearumプロファージの全体的な多様性,分布,およびより広い機能的遺伝子含有量は未知である。本研究において,プロファージを6つの大陸に由来する192のR.solanacearumドラフトゲノム集合体の多様な収集において同定した。プロファージを生物情報学的に同定し,それらの多様性を遺伝的距離測定,遺伝子量,GCおよび全長を用いて調べた。プロファージ分布をR.solanacearumの地理的起源と系統分類(系統)のメタデータを用いて特性化し,それらの機能的遺伝子含量を推定プロファージコード補助遺伝子の同定により評価した。全体で,343の無傷プロファージを同定し,10の遺伝学的に異なるクラスターを形成した。これらは,Inoviridae,Myoviridae及びSiphoviridaeファージファミリーに属する5つのプロファージクラスター及び5つの未特性化クラスタを含み,おそらく新規で以前に記述されていないファージを示した。プロファージは,複数の大陸にわたって存在する広い地理的分布を有した。しかし,それらは一般に宿主系統発生系統特異的であり,全体的に,プロファージ多様性はそれらの宿主の遺伝的多様性に比例した。プロファージは,ファージと細菌の代謝と毒性に関与する多数の補助遺伝子を含んでいた。結果は,R.solanacearumプロファージが世界的に高度に多様であるが,それらはR.solanacearumアクセサリーゲノムに系統特異的寄与をし,これは共有共進化の歴史から生じることを示した。【JST・京大機械翻訳】

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細菌による植物病害

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