AA分子動力学シミュレーションからのUA分子内ポテンシャル導出のための相関法  アルカンへの適用【JST・京大機械翻訳】

Monasse Bernard; Boussinot Frederic

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200717763134 整理番号：22P0118520

AA分子動力学シミュレーションからのUA分子内ポテンシャル導出のための相関法アルカンへの適用【JST・京大機械翻訳】

A Correlation Method for Deriving UA Intra-Molecular Potentials from AA Molecular Dynamics Simulations: Application to Alkanes

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発行年： 2020年01月23日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年01月23日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Monte-Atom(UA)力場は通常,モンテカルロシミュレーションから得られた分布に基づくBoltzmann逆法を用いて構築される。全Atom(AA)分子動力学シミュレーションからUA力場を構築する新しい方法を提案した。この方法では,同じ型の振動子間の時間相関を決定した:CC結合と接続CH結合;原子価角CCCと,少なくとも1つの水素で共有するすべての原子価角の間で,それとは共有する。二面角CCCCと二面角の間で,二つの中心炭素をそれと共有した。長さまたは角度の間に相関がない場合には,振動子のエネルギーが独立である。この場合,力場のAAとUA成分は同一である。相関が合計であるとき,物体のUAポテンシャルは,それに結合した振動子のエネルギーの合計である。部分相関も可能である。対応するUA分子によるAA分子のいくつかの運動学的マッチング試験を考察した:振動子の平均振動周期;存在確率に関連するエネルギー;分子の平均エンドツーエンド長さ。この方法は,OPLS-AA力場でシミュレートした脂肪族分子に適用した。【JST・京大機械翻訳】

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計算機シミュレーション , 分子・遺伝情報処理

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AA分子動力学シミュレーションからのUA分子内ポテンシャル導出のための相関法 アルカンへの適用【JST・京大機械翻訳】

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