Dcifer:多クローン感染間の遺伝的距離を計算するためのIBDに基づく方法【JST・京大機械翻訳】

Gerlovina, I.; Gerlovin, B.; Rodriguez-Barraquer, I.; Greenhouse, B.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200748130369 整理番号：22P0334628

Dcifer:多クローン感染間の遺伝的距離を計算するためのIBDに基づく方法【JST・京大機械翻訳】

Dcifer: an IBD-based method to calculate genetic distance between polyclonal infections

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発行年： 2022年04月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

病原体伝染を再構成し,ゲノムデータから疫学的に関連する疑問に答えるための必須のステップは,感染間のペアワイズ遺伝距離を得ることである。マラリア寄生虫のような生物を再結合するために,最近の共有祖先を定量化する関連性尺度は,意味のある距離を提供し,降下(IBD)による同一性に基づく方法を示唆する。関連性の概念とその結果としてのIBDアプローチは,個々の寄生虫に対してかなり直接的であるが,マラリアで流行しているポリクローナル感染間の距離は,特異的な挑戦を示し,あらゆるクローン性の感染に適用でき,多対立遺伝子(例えばマイクロサテライトまたはマイクロハプロタイプ)およびバイ対立遺伝子(SNP)データに適応できる一般的な解決策を待つ。この方法論的ギャップをフィリングして,著者らは,非相データのために設計されたポリクローナル感染の間の遺伝的距離を計算する方法,Dcfer(複雑な感染のための耐性:関連性の速い推定)を示し,個体群対立遺伝子頻度と感染の複雑性を明示的に説明し,信頼できる推論を提供する。Dcfers IBDベースのフレームワークは,ホスト間の関連性を表すモデルパラメータを定義し,魅力的な統計的特性を有する対応する推定器を提案することを可能にする。未観測のフェイズドハプロタイプを説明する結合器を用いることにより,Dcferは,大きなデータセットを迅速に処理でき,不確実性の尺度とともにペアワイズ関連性を推定することができる。Dcferは正確で解釈可能な結果をもたらし,状態による同一性に基づくアプローチよりも2~4倍大きい統計的パワーで関連する感染を検出することを示した。実際のデータへの適用は,関連構造が地理的位置と一致することを示した。包括的公開利用可能なソフトウェアパッケージにおいて,Dcferを実装した。【JST・京大機械翻訳】

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感染症・寄生虫症一般 , 分子・遺伝情報処理 , 微生物感染の生理と病原性 , 赤血球 , 進化論一般

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