逐次Markov合体の限界と収束特性【JST・京大機械翻訳】

Sellinger, T. P. P.; Abu Awad, D.; Tellier, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200818518815 整理番号：22P0242776

逐次Markov合体の限界と収束特性【JST・京大機械翻訳】

Limits and Convergence properties of the Sequentially Markovian Coalescent

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発行年： 2020年11月10日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年11月10日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

逐次Markov(SMC)に基づく多くの方法が開発されている。これらの方法は,個体群人口統計学的歴史を明らかにするためにゲノム配列データを利用する。より最近,新しい方法は,元の理論的枠組みを拡張し,人口統計履歴と他の生物学的変数の同時推定を可能にした。これらの方法は,異なるモデル仮定の下で,個体群/種進化の歴史を止めるという希望で,多くの異なる種に適用できる。模擬データを用いて収束証明が与えられたが,これらの方法の性能限界の明確な概要は不足している。ここでは,この方法論の限界を検討し,ユーザが与えられたデータセットから確実に検索できるかどうかをユーザに定量化できるツールを提示する。さらに,仮説を違反する推論精度と,配列とSNPコールエラーに沿った可変再結合と突然変異率のようなSMCアプローチの仮説との仮説を検討した。また,推定遷移行列の使用によるSMCの新しい解釈を提供し,また,手で生物学的質問によりよく適応するデータセットの構築を通して,予算制約の下でのこれらの方法の最も効率的な使用のための推奨を提供した。【JST・京大機械翻訳】

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