PolishCLR:PacBio CLRゲノムアセンブリを研磨するための次世代ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

Chang, J.; Stahlke, A. R.; Chudalayandi, S.; Rosen, B. D.; Childers, A. K.; Severin, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202200898640551 整理番号：22P0315020

PolishCLR:PacBio CLRゲノムアセンブリを研磨するための次世代ワークフロー【JST・京大機械翻訳】

polishCLR: a Nextflow workflow for polishing PacBio CLR genome assemblies

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (6件)： , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年02月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

長読取配列決定はゲノム集合を革命し,高度に隣接する染色体レベルコンティグを生じる。しかし,太平洋バイオサイエンス(PacBio)連続Long Reads(CLR)のようないくつかの第三世代の長い読取技術からのアセンブリは,高い誤り率を持つ。このような誤差は,研磨と呼ばれるプロセスを通して短い読取で補正できる。非モデルde novoゲノムアセンブリを研磨する最良の実践は,最近Vertebate Genome Project(VGP)アセンブリコミュニティにより記述されているが,従来の高性能コンピューティング環境において容易に実行でき,実行できる公的に利用可能な再現性のあるワークフローの必要性がある。ここでは,CLRデータから作成した研磨アセンブリのための最良の実行を実行する再現性のある次世代フローワークフローであるpolishCLR(https://github.com/isugifNF/polishCLR)について述べた。ポーランドCLRはいくつかの入力オプションから開始でき,最適事例を最適に拡張できる。それはまた,パージ_dupにおける複製ハプロタイプの同定を含むいくつかの重要なプロセスを通して再突入点を提供し,もしデータが利用できるならば足場の切断を可能にして,ArrowとFreeBeyesによる研磨と評価の多重ラウンドを通して,足場の切断を可能にした。ポーランドCLRはコンテナ化され,既存,誤り傾向のある長読データからアセンブリを完成するツールとして大きな組立コミュニティのために公開されている。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , , , , ,
, , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

, , ,

前のページに戻る