抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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最近,変異誘発過程が変異シグネチャのレンズを通して研究され,これは個々の変異誘発物質に起因する特徴的な変異パターンを示す。しかしながら,変異誘発物質と観察された変異パターンの間の因果関係は,変異シグネチャの有用性を制限する完全には理解されていない。これらの関係への洞察を得るために,遺伝子および変異シグネチャ間の有向ネットワークを構築するGO_SCPLOWENEC_SCPLOWSO_SCPLOWIGC_SCPLOWNO_SCPLOWETC_SCPLOWと名付けたネットワークベースの方法を開発した。この手法は,ネットワークノードの活動間の支配的影響関係を明らかにするために,他の統計的手法間の疎な部分相関を利用する。GO_SCPLOWENEC_SCPLOWSO_SCPLOWNO_SCPLOWETC_SCPLOWを癌データセットに適用し,癌関連変異原性過程に光を当てる変異シグネチャといくつかの細胞過程間の重要な関係を明らかにした。本結果は乳癌におけるクラスター化APOBEC変異に対する相同組換え欠損の影響のような以前の知見と一致した。また,GO_SCPLOWENEC_SCPLOWSO_SCPLOWIGC_SCPLOWNO_SCPLOWETC_SCPLOWにより同定されたネットワークは,APOBEC超変異と調節性T細胞(Tregs)の活性化とAPOBEC変異とDNA立体配座の変化との関係を示唆する。また,GO_SCPLOWENEC_SCPLOWSO_SCPLOWNO_SCPLOWは,未知の病因学のSBS8シグネチャとヌクレオチド除去修復経路の間の可能なリンクを暴露した。GO_SCPLOWENEC_SCPLOWSOWNO_SCPLOWETC_SCPLOWは,変異シグネチャと遺伝子発現間の関係を明らかにする新しい強力な方法を提供する。GO_SCPLOWENEC_SCPLOWSO_SCPLOWE_SCPLOWNO_SCPLOWETC_SCPLOWは,https://github.com/ncbi/GeneSigNetで自由に利用可能である。【JST・京大機械翻訳】
