CD8 ̄+T細胞病原性エピトープと癌ネオ抗原の予測における既存計算モデルの性能評価【JST・京大機械翻訳】

Buckley, P.; Ma, R.; Lee, C. H.-J.; Woodhouse, I.; Woo, J.; Tsvetkov, V. O.; Shcherbinin, D. S.; Shugay, M.; Rei, M.; Simmons, A.; Koohy, H.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202201212999920 整理番号：22P0256585

CD8 ̄+T細胞病原性エピトープと癌ネオ抗原の予測における既存計算モデルの性能評価【JST・京大機械翻訳】

Evaluating performance of existing computational models in predicting CD8+ T cell pathogenic epitopes and cancer neoantigens

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資料名：
発行年： 2022年01月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月18日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

感染または悪性細胞の表面に存在する同族ペプチド-MHC複合体(pMHC)のT細胞認識は,ロバストで長期免疫応答を仲介するために最も重要である。T細胞受容体(TCR)に対する同族pMHC標的の正確な予測は,病原性疾患および個別化癌免疫療法の両方に対するワクチン標的の同定を大きく促進する。したがって,免疫原性ペプチドの予測は,過去数十年間,集中的な研究の中心にあるが,挑戦的であることが証明されている。多くのモデルが提案されているが,これらのモデルの性能は系統的に評価されておらず,ヒト病理学との関連でエピトープを予測する成功率は測定されておらず,比較されていない。本研究では,病原体と癌との関連で免疫原性CD8+T細胞標的の同定において,いくつかの公的に利用可能なモデルの性能を評価した。著者らは,SARS-CoV-2のような新生ウイルスからの免疫原性ペプチドの予測に対して,モデルのどれもランダムよりも実質的に良く機能せず,HLAリガンド予測を超えてかなりの改善を提供することを見出した。また,癌ネオ抗原を予測するための最適以下の性能を観察した。モデルの不良性能に関連する潜在的要因の調査を通して,いくつかのデータおよびモデル関連問題を強調した。特に,モデルの訓練データにおける免疫原性および非免疫原性ペプチドの分布における交差HLA変化は,予測を実質的に混乱させるようである。さらに,病原性ペプチドと癌ネオ抗原間の免疫原性に関連する重要パラメータを比較し,結合親和性と安定性の閾値の相違の証拠を観察し,免疫遺伝子病原体対癌ペプチドの同定において異なる特徴を調節する必要性を示唆した。全体として,著者らは,免疫原性CD8+T細胞標的の正確で信頼できる予測が未解決のままであり,従って,本研究が,既存の免疫原性予測因子における潜在的落とし穴と未解決の問題に関するユーザとモデル開発者を導くことを期待する。【JST・京大機械翻訳】

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免疫反応一般

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