MSFragger-glycoによる迅速で包括的なN-およびO-グリコプロテオミクス解析【JST・京大機械翻訳】

Polasky, D. A.; Yu, F.; Teo, G. C.; Nesvizhskii, A. I.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202201235026813 整理番号：22P0235401

MSFragger-glycoによる迅速で包括的なN-およびO-グリコプロテオミクス解析【JST・京大機械翻訳】

Fast and Comprehensive N- and O-glycoproteomics analysis with MSFragger-Glyco

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発行年： 2020年05月20日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年05月20日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

グリコシル化は,多様な重要な細胞作業を達成するために用いられる遍在的で不均一な翻訳後修飾(PTM)である。無傷糖ペプチドの濃縮と質量分析の方法における最近の進歩は,大規模で高品質なグリコプロテオミクスデータセットを生み出してきたが,このデータを解釈することは困難なままである。大きく,複雑で,不均一で,グリカンは振動活性化の間にフラグメンテーションを受け,それらの同定に効果のない一般的なPTM探索戦略を作る。オープンおよびグリカン質量オフセット探索戦略を用いて,N-およびO-結合糖ペプチドの迅速かつ高感度同定のためのMSFragger-Glycoと呼ばれる計算ツールを提示した。最近発表されたN-グリコプロテオミクスデータの再分析は,以前の結果よりも83%以上の糖ペプチド-スペクトルマッチ(糖PSMs)のアノテーションをもたらし,それは同定できる糖蛋白質とグリコサイトの数の実質的な増加に翻訳された。公開されたO-グリコプロテオミクスデータにおいて,著者らの方法は,元の探索と同じペプチドを検索するときに注釈付けされたグリコPSMsの数を倍増し,多数の可能なグリカン組成及び他の修飾を含む探索を拡大するとき,6倍までの増加をもたらした。拡張された探索は,グリカン組成と元の探索に隠されたリン酸化とのクロストークの傾向を明らかにした。非常に改善されたスペクトルアノテーションにより,フラグメントイオンインデックスに基づくスコアリングの速い速度と結合して,MSFrgger-Glycoは,グリコプロテオミクスデータを包括的に統合し,グリコシル化の多くの役割を明らかにする。【JST・京大機械翻訳】

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蛋白質・ペプチド一般 , 質量分析

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