TooT-SC:膜貫通輸送蛋白質の11種の基質クラスの予測【JST・京大機械翻訳】

Alballa, M.; Butler, G.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202201393088184 整理番号：22P0313382

TooT-SC:膜貫通輸送蛋白質の11種の基質クラスの予測【JST・京大機械翻訳】

TooT-SC: Predicting Eleven Substrate Classes of Transmembrane Transport Proteins

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発行年： 2022年01月27日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月27日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】輸送体はプロテオームの有意な割合を形成し,膜を横切る化合物の移動を媒介する際に重要な役割を果たす。輸送蛋白質は実験的に特性化が困難であるので,配列決定される多数のゲノムを注釈するために輸送された基質を予測する計算ツールの必要性がある。最近,クラスの定義の基礎としてChEBIオントロジーを用いたスイス-Protからの11の基質クラスのデータセットを開発した。【結果】著者らは,11の基質クラスを有する新しいデータセットに対して,7つの基質クラスを予測する著者らの以前の研究TranCEPを拡張した。TranCEPのように,ToT-SCは蛋白質のペアワイズアミノ酸組成(PAAC)を結合し,TM-Coffeeを用いた多重配列アラインメント(MSA)で捕捉された進化的情報,およびTCSを用いたアラインメントの重要な位置への制限がある。著者らの実験結果は,ToT-SCが,著者らの以前の研究を含む最先端の予測子よりも,0.82の全体的なMCCと0.66から1.00の範囲の11のクラスに対するMCCを,著しく凌駕することを示した。結論:ToT-SCは広範囲の基質クラスをカバーする高性能の有用なツールである。結果は,予測プロセスの間に使用された各タイプの情報によってなされた寄与を定量化する。この方法論が蛋白質配列分析に対してより一般的に適用できると信じる。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

細胞膜の輸送 , 蛋白質・ペプチド一般

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