CellNeighborEX:空間トランスクリプトームデータからの近傍依存性遺伝子発現解読【JST・京大機械翻訳】

Kim, H.; Loevkvist, C.; Palma, A. M.; Martin, P. C. N.; Kim, J.; Kumar, A.; Peixoto, M. L.; Madan, E.; Gogna, R.; Won, K. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202201486991003 整理番号：22P0315537

CellNeighborEX:空間トランスクリプトームデータからの近傍依存性遺伝子発現解読【JST・京大機械翻訳】

CellNeighborEX: Deciphering Neighbor-Dependent Gene Expression from Spatial Transcriptomics Data

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発行年： 2023年04月25日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2023年04月25日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細胞は,それらの微小環境を感知し,生物学的シグナルを送るコミュニケーション方法を進化させた。リガンドと受容体を用いた通信に加えて,細胞は,それらの即時近傍と伝達するギャップ結合を含む多様なチャンネルを使用する。しかし,現在のアプローチでは,様々な微小環境の影響を効果的に捉えることができない。ここでは,細胞近傍依存遺伝子発現(CellNeighborEX)を同定する新しいアプローチを提案した。空間トランスクリプトミクス(ST)データからの微小環境に基づく細胞化後,CellNeighborEXはパートナー形成細胞タイプに関連する多様な遺伝子セットを同定し,さらなる洞察を提供する。それらの環境と共に細胞を分類するために,CellNeighborEXは,ST技術に依存して複数の細胞から直接細胞位置またはトランスクリプトームの混合物を使用する。細胞は,マウス胚,脳,および肝臓癌を含む様々な組織における隣接細胞型に依存して異なる遺伝子セットを発現することを示す。これらの遺伝子は発生(胚)または転移(肝臓癌)と関連していた。さらに,遺伝子発現が隣接パートナーにより誘導されることを検証した。近隣依存性遺伝子発現は,リガンド-受容体共発現が発見できる細胞-細胞相互作用に関与する新しい潜在的遺伝子を示唆する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現

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