抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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全身性Lupus Erythematosus(SLE)は,末梢血免疫細胞における広範な遺伝子発現摂動を特徴とする自己免疫疾患のプロトタイプである。循環的証拠から,これらの摂動は後成的プロファイルとクロマチン接近性の変化による可能性があるが,転写調節とゲノム構成間の関係は大部分が研究されていない。ゲノムワイドトランスクリプトームプロファイルから遺伝子共発現のパターンを利用するゲノムアプローチを開発し,協調遺伝子発現(DCE)の統計的ロバストドメインを同定した。大きなSLE患者コホートからの遺伝子発現データにこの方法を実行することにより,SLE活性状態と相関する遺伝子共調節パターンにおける重要な疾患関連変化を同定した。低疾患活性患者ゲノムは,より小さなサイズのDCEsを導く広範な断片化により特性化される。高疾患活性ゲノムは,拡張および新たに出現した(emerged)DCEsを伴う共発現ドメインの過剰な空間的再分布を示す。遺伝子共発現パターンのフラグメンテーションおよび再分布は,SLE複製生物学的経路および腎臓関与のような臨床的に関連する内部表現型と相関する。特に,低活性ゲノムの分裂DCEsの境界に存在する遺伝子はインターフェロンおよび他のSLE感受性シグネチャーに富んでおり,初期疾患段階でのDCE断片化の意味を示唆する。種々の免疫細胞サブタイプからのプロモーター-エンハンサー相互作用の干渉は,ネスト結合の有意な割合がDCE分裂またはSLEゲノムの枯渇により破壊されることを示した。まとめると,我々の結果はSLEにおける遺伝子発現形成におけるゲノム構成の重要な役割を強調し,疾患の病因と疾患フレアの根底にある機構への貴重な洞察を提供することができた。全身性Lupus Erythematosus(SLE)において,意義深い広範な遺伝子発現変化が報告されているが,ゲノム構造による遺伝子脱調節を連結する試みは不足している。遺伝子発現データのセグメンテーションのための計算フレームワークを通して,著者らは疾患活性状態と相関するSLEにおける遺伝子共調節ドメインの広範な断片化と再編成を明らかにした。インターフェロン経路のようなSLEに関与する生物学的機能に関連する遺伝子共発現ドメインは,患者において破壊され,一方,腎炎のような重症症状に関連する他のものは,ゲノムの以前に非相関領域に現れる。著者らの結果は,SLEにおける異常な遺伝子発現の基礎となる広範なゲノム再編成を支持し,それは寛解の患者における疾患フレアの早期検出を助けることができた。グラフ的抽象O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200HEIGHT=114SRC=「FIGDIR/小/922559v1_ufig1.gif」ALT=「Figure 1」>View version(29K):org.highwire.dtl.DTLVardef@c9fdfborg.highwire.dtl.DTLVardef@1417da2org.highwire.dtl.DTLVardef@9f229borg.highwire.dtl.DTLVardef@1991569_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG。【JST・京大機械翻訳】
