低被覆配列決定によるウサギにおける複合ウール形質の遺伝的構造を費用効果的に解析する【JST・京大機械翻訳】

Wang, D.; Xie, K.; Wang, Y.; Hu, J.; Li, W.; Zhang, Q.; Ning, C.; Fan, X.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202201859238408 整理番号：22P0317681

低被覆配列決定によるウサギにおける複合ウール形質の遺伝的構造を費用効果的に解析する【JST・京大機械翻訳】

Cost-effectively dissecting the genetic architecture of complex wool traits in rabbits by low-coverage sequencing

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発行年： 2022年03月12日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月12日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ウサギのウール形質は,毛成長に関する繊維生産およびモデル生物研究において重要であるが,遺伝的構造は不明瞭のままである。本研究では,よく知られた繊維品種であるAngoraウサギにおける羊毛特性に焦点を当てた。遺伝子型決定コストと変異体検出を,著者らは,低被覆率全ゲノム配列決定(LCS)を提案し,遺伝子型の遺伝子型決定を行った。異なる遺伝子型帰属戦略,配列決定範囲およびサンプルサイズを比較し,BasVar+STITCHにより,遺伝子型決定は1.0Xの深さで高精度(>0.97)に達し,試料サイズ>300であった。多変量GWASとそれに続く条件付きGWASとQTLの信頼区間推定を用いて,羊毛形質の遺伝的構造を明らかにした。6つのQTLsは,0.42%から7.50%の範囲の表現型変異寄与で検出された。遺伝子レベルマッピングは,線維成長および直径と関連するFGF10を関連させ,これは他の種における線維芽細胞成長因子ファミリーに関する以前の機能研究を支持し,ウールウサギ育種のための遺伝的情報を提供した。LCSは,一般的な変異体を評価するためのコスト効率の高い代替法として示唆される。LCSと組み合わせたGWASは量的形質と関連するQTLと微細マップ遺伝子を掘削できる。本研究は,ゲノム育種の基礎を築く複雑な形質を研究するための強力な分析の精神性を提供する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子の構造と化学

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