抵抗器:多状態蛋白質設計および突然変異シグネチャ上のパレート最適化を用いた耐性突然変異を予測するためのアルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

Guerin, N.; Feichtner, A.; Stefan, E.; Kaserer, T.; Donald, B. R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202201860222353 整理番号：22P0312654

抵抗器:多状態蛋白質設計および突然変異シグネチャ上のパレート最適化を用いた耐性突然変異を予測するためのアルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

Resistor: an algorithm for predicting resistance mutations using Pareto optimization over multistate protein design and mutational signatures

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発行年： 2022年04月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月05日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

薬理学的治療に対する耐性は主要な公衆衛生課題である。ここでは,耐性変異の前向き予測を提供する,薬剤デザインに対する新しい構造と配列に基づくアルゴリズムである,RO_SCPLOWESISTORC_SCPLOW-aを報告する。RO_SCPLOWESISTORC_SCPLOWは,4つの抵抗原因基準のパレートフロンティアを計算する:(1)(1)薬物の結合親和性({Delta}Ka)の変化,および(2)蛋白質突然変異における内因性リガンド;(3)確率は経験的に誘導された突然変異シグネチャに基づいて発生する。(4)ホットスポットから成る突然変異の基数。RO_SCPLOWESISTORC_SCPLOWを検証するために,肺腺癌と黒色腫でEGFRとBRAFを標的化するキナーゼ阻害剤にそれを適用した。RO_SCPLOWESISTORC_SCPLOWは,エルロチニブおよびゲフィチニブに対する「ゲートキーパー」T790M変異およびオシメルチニブに対する5種類の既知耐性変異を含む,8種類の臨床的に有意なEGFR耐性変異を正確に同定した。さらに,RO_SCPLOWESISTORC_SCPLOW予測は,KinConバイオセンサ技術を用いた遡及的および前向き実験の両方からのBRAF阻害剤の感度データと一致した。オープンソース蛋白質設計ソフトウェアOSPREYにおいて,RO_SCPLOWESISTORC_SCPLOWは利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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分子遺伝学一般 , 植物生理学一般

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