アンカーの取り込みによる膜蛋白質のペアワイズ配列アラインメントの精密化【JST・京大機械翻訳】

Staritzbichler, R.; Sarti, E.; Yaklich, E.; Stamm, M.; Aleksandrova, A.; Khafizov, K.; Forrest, L. R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202201927366754 整理番号：22P0248034

アンカーの取り込みによる膜蛋白質のペアワイズ配列アラインメントの精密化【JST・京大機械翻訳】

Refining pairwise sequence alignments of membrane proteins by the incorporation of anchors

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発行年： 2020年09月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年09月16日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

一次配列のアラインメントは,蛋白質構造,機能および進化の解析における基本的段階である。統合膜蛋白質は,それらの進化的関係が非常に遠隔であり,疎水性アミノ酸の高い含有量がそれらの複雑性を低下させるので,そのような配列アラインメントアプローチに対して大きな挑戦を提起する。しばしば,生化学的または生物物理学的データは,例えば,共通の機能的または構造的役割を共有する特定の位置を示す,最適なアラインメントを知らせる。現在,それらの位置が標準ペアワイズアラインメント手順によって正しく配列されないならば,アラインメントへのそのような情報の組み込みは,手動調整によって,アドホックな方法で典型的に取り組まれる。しかし,そのような修正は,それらがアラインメントのロバスト性と再現性を低下させるので,問題がある。代替アプローチは,アラインメント中にそのような位置整合を明示的に組み込むために,拘束あるいはアンカーの使用である。ここでは,膜蛋白質のペアワイズ配列アラインメントの補助としてアラインメントツールAlignMeにおける位置固定を導入した。このアプローチを遠隔関連と低複雑性配列を含む現実的シナリオに適用することにより,単一アンカの追加が,全体のアラインメントの再現性と厳密性を維持しながら,アラインメントの精度を劇的に改善できるかを説明した。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理

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