同時エピジェネティック解析への細菌rDNA配列決定の拡張と16Sメタエピジェネティクスへの応用【JST・京大機械翻訳】

Nishimura, M.; Tanaka, T.; Murata, S.; MIyabe, A.; Ishige, T.; Kawasaki, K.; Yokoyama, M.; Tojo-Nishimura, S.; Matsushita, K.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202026912640 整理番号：22P0315485

同時エピジェネティック解析への細菌rDNA配列決定の拡張と16Sメタエピジェネティクスへの応用【JST・京大機械翻訳】

Extension of bacterial rDNA sequencing to concurrent epigenetic analysis and its application to 16S meta-epigenetics

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (9件)： , , , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年02月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月16日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

16S rDNA領域のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅と配列決定は広範囲の科学分野で使用されているが,DNAメチル化情報を提供しない。臨床試料またはフローラ由来の細菌16S rDNA領域における5-メチルシトシン残基を調べるための簡単な加算法について述べた。亜硫酸水素変換後の一本鎖細菌DNAはpH中性で多重置換増幅(MDA)で優先的に増幅され,16S rDNA領域はネスト亜硫酸水素PCRと配列決定を用いて分析された。16S rDNA亜硫酸水素配列決定は,無傷の16S rDNA配列情報と同時に臨床的に重要な細菌DNAメチル化状態を提供できる。このアプローチを用いて,Morganella morganiiにおける新規メチル化部位とメチルトランスフェラーゼ(M.MmnI)を同定した。次に,小量の臨床検体から細菌フローラを分析し,Enterococcus faecalis株間で異なるメチル化モチーフを同定した。ここで開発した方法は,従来の16S rDNA分析に「add-on」として参照され,最も臨床的に使用されている細菌同定遺伝子試験であり,従来法では得られない付加的情報を提供する。細菌における薬剤耐性とDNAメチル化状態の間の関係が報告されているので,細菌後成的情報は臨床試験にも有用である。本分析は,M.MmnIがエリスロマイシン耐性に促進効果を有することを示唆する。16S rDNA亜硫酸水素PCRとpH中性でのMDAとの配列決定は,16Sメタエピジェネティクスを分析するための有用な追加ツールである。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , ,
, , , 【Automatic Indexing@JST】

微生物形態学・分類学 , 遺伝子の構造と化学 , 異種生物間相互作用 , 微生物の生態

, , , , , ,

前のページに戻る