ブタマイクロバイオームにおける蛍光in situハイブリダイゼーションによる特異的非培養バクテリオファージの検出【JST・京大機械翻訳】

Jensen Ostenfeld, L.; Munk, P.; Aarestrup, F. M.; Otani, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202042591501 整理番号：22P0315835

ブタマイクロバイオームにおける蛍光in situハイブリダイゼーションによる特異的非培養バクテリオファージの検出【JST・京大機械翻訳】

Detection of specific uncultured bacteriophages by fluorescence in situ hybridisation in pig microbiome

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発行年： 2022年02月19日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月19日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

微生物群集は,海洋と土壌コミュニティから哺乳類の腸に広がる生態系と地域環境に大きな影響を持つ。バクテリオファージ(ファージ)はコミュニティにおける個体群制御と多様性の重要な駆動因子であるが,複雑な微生物群集の理解は偏った検出技術によって停止している。メタゲノムは,in vitro培養技術に依存しない新規ファージ発見の方法を提供し,研究されたファージの大きな割合を明らかにした。ここでは,以前にブタ糞便メタゲノムからin silicoで組み立てられた5つの大きなファージゲノムを検出し,修飾ファージFISH法を用いて自然環境で直接観察し,大きなファージに対するバイアスを低減する方法と組み合わせた。これらのファージは未知の宿主で培養されていない。特異的ファージは,元の糞便試料中のPCRと蛍光in situハイブリダイゼーション,ならびに他の糞便試料で検出された。細菌シグナルとファージシグナルの共局在化はファージライフサイクルの異なる段階の検出を可能にした。全てのファージは早期感染,進行感染,バーストおよび遊離ファージの例を示した。著者らの知る限り,これは,培養,宿主同定,サイズ,およびゲノム配列のみに基づく,糞便中のジャムボファージの最初の検出である。このアプローチは,広範囲の腸ミクロビオームからin vivoでの新規なin silicoファージの特性化の機会を開く。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

微生物の生態 , ウイルス学一般 , 微生物検査法

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