抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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背景:コロナウイルスは,ファミリーCoronaviridae,Genus Betacoronavirusに属するウイルス群である。2019年12月に,重度の呼吸器症状を特徴とする新しいコロナウイルス病(COVID-19)を発見した。原因病原体は,2019-nCoVとして知られる新規コロナウイルスであり,その後SARS-CoV-2であった。発見の2か月以内に,COVID-19は流行性罹患率と死亡率を引き起こす流行となった。ナイジェリアCOVID-19症例から分離したSARS-CoV-2の方法論Woleゲノム配列データをGISAIDデータベースからダウンロードして検索した。品質保証を満足した合計18の配列(長さ[≧]29700nts,およびN[≦]5%として表示された未知の塩基の数)を研究に用いた。多重配列アラインメント(MSA)はMAFFT(Version 7.471)で行われ,一方SNP呼び出しはDnaSP(Version 6.12.03)で実行され,Jalview(Version 2.11.1.0)で可視化された。系統解析はMEGA Xソフトウェアであった。【結果】ナイジェリアSARS-CoV-2は,4つの大きな保存ゲノム領域と99.9%のゲノム類似性を有した。合計66のSNPを,31が有益であった。ヌクレオチド多様性評価は,Pi=0.00048と1000nts当たり2.22SNPの平均SNP頻度を与えた。非コードゲノム領域,特に5UTRと3UTRは,それぞれ3.77と35.4のSNP密度を有した。最も高いSNP密度を有する領域は,8.55SNP/1000ntsの頻度でORF10であった。ナイジェリアにおけるウイルスの大多数(72.2%)は,D614G変異の優勢を有するL系統であり,18のウイルス配列のうち11(61.1%)を占めた。ナイジェリアSARS-CoV-2は,最尤系統樹上で3つの主要なクレード,すなわちOyo,EkitiおよびOsunを明らかにした。結論およびRecommendation niger SARS-CoV-2は,L系統およびD614G変異体の優勢と共に高い変異率を示す。ナイジェリアにおけるSARS-CoV-2病原性に対するこれらの変異の意味と,より積極的な試験およびCOVID-19の処理の必要性について論じた。さらに,ナイジェリアにおけるCOVID-19の試験キットを生産する試みは,本研究で同定された保存領域を考慮するべきである。COVID-19予防対策への厳密な遵守はナイジェリアSARS-CoV-2系統クラスタ化パターンの観点から推奨され,これはナイジェリアにおける多くの民族の伝染性文化特性におそらく根付く集中的な群集伝染を示唆する。【JST・京大機械翻訳】
