ホップ細胞ゲノミクスのための新しいツール:Humulus lupulusの長リード配列からのタンデムリピートファミリーの同定【JST・京大機械翻訳】

Easterling, K. A.; Pitra, N. J.; Morcol, T. B.; Aquino, J. R.; Lopes, L. A.; Bussey, K. C.; Matthews, P. D.; Bass, H. W.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202150532341 整理番号：22P0224791

ホップ細胞ゲノミクスのための新しいツール:Humulus lupulusの長リード配列からのタンデムリピートファミリーの同定【JST・京大機械翻訳】

New Tools for Hop Cytogenomics: Identification of Tandem Repeat Families from Long-Read Sequences of Humulus lupulus

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著者 (8件)： , , , , , , ,
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発行年： 2020年02月03日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年02月03日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

Hop(Humulus lupulus L.)はビールの苦味剤としての使用で知られており,ヨーロッパで始まり,現在,地球に広がる栽培の豊富な歴史がある。世界中で5つの野生品種があり,それは栽培品種で導入されている可能性がある。雌雄異性種として,その偏性異系交配,非Mendelian遺伝,およびゲノム構造可変性は,方向性のある育種努力を混乱させた。従って,Humulusにおけるゲノム進化の理解は,統合ゲノムマップを含む付加的資源を必要とする,かなりの挑戦を示す。ホップの伝達遺伝学への細胞遺伝学的研究を促進するために,ここでは17の新しく異なるタンデム反復配列ファミリーの同定と特性化を報告する。ホップ品種ApolloからのPacBio long-read配列のk-merフィルタリングとドットプロット解析を用いてタンデム反復発見パイプラインを開発した。HuluTR120とHulTR225の保存領域からオリゴヌクレオチドFISHプローブを作成し,野生ホップ,var.neomexicanusから減数分裂染色体を染色するそれらの有用性を示した。HuluTR225 FISHプローブは,核当たりいくつかの遺伝子座にハイブリダイズし,野生ホップの雄減数分裂において不規則な非Mendelian伝達を示した。まとめると,これらのタンデム反復配列ファミリーは,ユニークで貴重な新しい細胞遺伝学的試薬を示すだけでなく,ゲノムアセンブリー努力を知り,比較ゲノム解析をサポートする能力も有する。【JST・京大機械翻訳】

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分子遺伝学一般 , し好料作物

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