ミトXplorer 2.0の更新:細胞文脈内のミトコンドリア発現動態の統合と解釈【JST・京大機械翻訳】

Marchiano, F.; Haering, M.; Habermann, B. H.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202161877790 整理番号：22P0313914

ミトXplorer 2.0の更新:細胞文脈内のミトコンドリア発現動態の統合と解釈【JST・京大機械翻訳】

The mitoXplorer 2.0 update: integrating and interpreting mitochondrial expression dynamics within a cellular context

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発行年： 2022年02月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ミトコンドリアはほとんどすべての真核細胞に存在する細胞内オルガネラであり,細胞代謝において中心的役割を果たす。異なる組織,健康および年齢条件は,ミトコンドリア構造および組成の違いにより特徴づけられる。視覚データマイニングプラットフォームmitoXpler1.0を開発し,これらの差異の説明を助けることができるミトコンドリア機能に関連する遺伝子の発現動力学を調べた。しかし,それは細胞状況におけるミトコンドリアの統合を目的とする機能がなく,従って,ミトコンドリアが細胞ニーズに適応するのを助ける調節因子を同定する。このギャップを埋めるために,ミトXplorプラットフォームをバージョン2.0(mitoXplor2.0)にアップグレードした。このアップグレードにおいて,ミトコンドリア過程のシグナル伝達または転写調節因子の同定を助けるために,2つの新規統合機能,ネットワーク解析及び転写因子-(TF-)濃縮を実行した。さらに,いくつかの他の新しい機能を実装し,ミトコンドリアプロセスの濃縮機能,時系列データを探索する機能,種全体のデータセットを比較する可能性,およびデータアップロードを容易にするのを助けるIDconverterのような簡単なデータ可視化を超えるためのプラットフォームを可能にした。3つの特定の使用事例において,これらの機能の有用性は,http://mitoxplorer2.ibdm.univ mrs.frでログインなしで自由に利用可能であることを示した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

細胞構成体の機能 , 細胞構成体一般

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