miRNAFinder:植物プレマイクロRNA分類のための包括的Webリソース【JST・京大機械翻訳】

Lokuge, S.; Jayasundara, S.; Ihalagedara, P.; Herath, D.; Kahanda, I.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202183423351 整理番号：21P0259343

miRNAFinder:植物プレマイクロRNA分類のための包括的Webリソース【JST・京大機械翻訳】

miRNAFinder: A Comprehensive Web Resource for Plant Pre-microRNA Classification

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発行年： 2022年03月13日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月13日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

マイクロRNA(miRNA)はRNAレベルで遺伝子の発現を制御する低分子非コードRNA分子の1つとして知られているが,DNAレベルではいくつかの操作がある。それらは典型的に20~24ヌクレオチドの長さで,植物と動物界で,またいくつかのウイルスで見出される。計算手法は,実験方法の限界を克服し,miRNAの同定に良好に機能した。成熟miRNAと比較して,前駆体miRNA(pre-miRNA)は長く,構造的特徴を有するヘアピンループ構造を有する。したがって,ほとんどのin-silicoツールはプレmiRNA同定のために実行される。本研究は,植物プレmiRNA同定のための逐次,構造的,および熱力学的特徴カテゴリーの下で180の特徴を用いて実装された多層パーセプトロン(MLP)ベースの分類器を提示する。この分類器は92%の精度,94%の特異性,90%の感度を有した。さらに,このモデルを他の小さな非コードRNAタイプで試験し,78%の精度を得た。さらに,実および擬似植物プレmiRNAの分類のために,PlantMiRNAPredで提示された陽性訓練および試験データセットにおける重複データ問題に対処する,機械学習モデルを訓練および試験するための新しいデータセットを導入した。任意の植物種で使用できる新しいデータセットと分類器を,http://mirnafinder.shyaman.me/で自由にアクセスできるWebサーバに配置した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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