比較分析における混合ゲノムアノテーション法は,系統特異的遺伝子の見掛け数を膨張する【JST・京大機械翻訳】

Weisman, C. M.; Murray, A. M.; Eddy, S. R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202295536124 整理番号：22P0032549

比較分析における混合ゲノムアノテーション法は,系統特異的遺伝子の見掛け数を膨張する【JST・京大機械翻訳】

Mixing genome annotation methods in a comparative analysis inflates the apparent number of lineage-specific genes

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発行年： 2022年01月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

異なる種のゲノムの比較を用いて系統特異的遺伝子を同定し,これらの遺伝子は1種またはクレードに特有である。系統特異的遺伝子は,しばしばユニークな適応の基礎となる遺伝的新規性を表すと考えられている。これらの遺伝子の同定はゲノム配列だけでなく,推定遺伝子アノテーションにも依存する。比較分析は,異なる方法を用いて注釈付けされた利用可能なゲノムを典型的に利用し,オーソログDNA配列が1つの種で遺伝子として誤って注釈されるかもしれないが,もう1つの種では系統特異的でないというリスクを増加させる。そのような”注釈不均一性”の影響を評価するため,1つ以上の公的に利用可能な遺伝子アノテーションを持つ配列決定されたゲノムを持つ種の4つのクレードを同定し,異なるアノテーション法がクレード全体にわたって均一である場合に,異なるアノテーション法が使用されるとき推定される系統特異的遺伝子の数を比較することができた。これらの事例研究において,注釈不均一性は15倍までの系統特異的遺伝子の見かけの数を増加させ,アノテーション不均一性が潜在的アーチファクトの実質的源であることを示唆した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学

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