プロリンヒドロキシル化標的の機能的アノテーションとデータ非依存性定量化を可能にするディーププロテオームプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Gong, Y.; Behera, G.; Erber, L.; Luo, A.; Chen, Y.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202328648292 整理番号：22P0032349

プロリンヒドロキシル化標的の機能的アノテーションとデータ非依存性定量化を可能にするディーププロテオームプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Deep Proteome Profiling Enabled Functional Annotation and Data-Independent Quantification of Proline Hydroxylation Targets

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発行年： 2022年01月13日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月13日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

プロリンヒドロキシル化(Hyp)は蛋白質構造,安定性及び蛋白質-蛋白質相互作用を調節し,細胞及び疾患における多様な代謝及び生理学的経路に広く関与する。プロリンヒドロキシル化プロテオームの機能的特徴を明らかにするために,ヒトにおけるプロリンヒドロキシル化プロテオームの深いプロテオームプロファイリングのための種々のデータ源を統合し,プロリンヒドロキシル化プロテオームのための注釈データベースおよびウェブサーバであるHypDB(https://www.HypDB.site)を開発した。HypDBは,広範なLC-MS分析に基づく修飾の部位特異的証拠と,15319の非冗長Hyp部位を有する文献マイニングと,ヒト蛋白質に高信頼の8226部位を提供する。注釈分析は,26種類のヒト器官と流体および6種類の細胞系で,重要な機能ドメインおよびHyp存在量の組織特異的な分布に対するプロリンヒドロキシル化の有意な濃縮を明らかにした。ネットワーク連結性分析はさらに蛋白質-蛋白質相互作用を仲介するプロリンヒドロキシル化の重要な役割を明らかにした。さらに,HypDBにより生成されたスペクトルライブラリーは,臨床組織のデータ非依存性解析(DIA)と肺癌および腎臓癌における新規Hypバイオマーカーの同定を可能にした。まとめると,公的にアクセス可能なHypDBによるヒトプロテオームの統合分析は,Hyp基質の機能的多様性を明らかにし,経路および疾患におけるプロリンヒドロキシル化を特性化するための定量的データ源を提供する。【JST・京大機械翻訳】

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蛋白質・ペプチド一般 , 遺伝子発現

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