公共DIAプロテオミクスデータセットの再使用の実施:PRIDEデータベースから表現地図へ【JST・京大機械翻訳】

Walzer, M.; Garcia-Seisdedos, D.; Prakash, A.; Brack, P.; Crowther, P.; Graham, R. L.; George, N.; Mohammed, S.; Moreno, P.; Papatheodorou, I.; Hubbard, S. J.; Vizcaino, J. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202393657231 整理番号：21P0257119

公共DIAプロテオミクスデータセットの再使用の実施:PRIDEデータベースから表現地図へ【JST・京大機械翻訳】

Implementing the re-use of public DIA proteomics datasets: from the PRIDE database to Expression Atlas

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (12件)： , , , , , , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年04月19日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月19日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

公共ドメインにおける質量分析(MS)ベースのプロテオミクスデータセットの数は,特にSWATH-MSのようなデータ独立獲得(DIA)アプローチによって生成されたものの増加を維持する。データ依存取得データセットとは異なり,DIAデータセットの再利用は,その高い可能性にもかかわらず,関連する技術的課題により,今日まで,むしろ限られている。メタデータアノテーションプロトコルの組合せ,MSデータ解析のための自動ワークフロー,統計解析,および表現Atlas資源への結果の統合を含む,公開SWATH-MSデータセットのための(再)解析パイプラインを導入した。自動化は,コンテナ化されたオープン分析ソフトウェアツールを使用して,次のフローで調整され,容易に利用可能で再現可能なパイプラインをレンダリングする。その有用性を実証するために,著者らは,PRIDEデータベースから10の公開DIAデータセットを再分析して,1,278のSWATH-MSランを構成した。解析のロバスト性を評価し,結果を元の出版物で得た結果と比較した。最終発現値を発現Atlasに統合し,SWATH-MS実験をより広く利用し,それらを他のプロテオミクスおよびトランスクリプトミクスデータセットに由来する発現データと結びつけた。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , , , ,
, 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 蛋白質・ペプチド一般

, , , , , ,

前のページに戻る