グループウォーク,ターゲット-デコイ競争によるグループごとの偽発見率解析への厳密なアプローチ【JST・京大機械翻訳】

Freestone, J.; Short, T.; Noble, W. S.; Keich, U.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202430914088 整理番号：22P0313815

グループウォーク,ターゲット-デコイ競争によるグループごとの偽発見率解析への厳密なアプローチ【JST・京大機械翻訳】

Group-walk, a rigorous approach to group-wise false discovery rate analysis by target-decoy competition

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発行年： 2022年04月14日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月14日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ターゲット-デコイ競合(TDC)は,タンデム質量分析データの分析において,偽発見率(FDR)制御のための一般的に使用される方法である。この型の競争ベースのFDR制御は,最近,BarberとCandesが特徴選択問題を含むより一般的な設定でその理論的基盤を築く後,他の分野で大きな人気を得ている。両事例において,競争は(観察)目標スコアと対応するデコイ(ノックアウト)スコアの間の頭対頭比較に基づいている。しかし,TDCの有効性は,データが均一であるかどうかに依存しており,多くの場合ではない:多くの設定において,データは,異なるスコアプロファイルまたは真のヌルの異なる割合を有するグループから成る。そのような場合,群構造を無視する間,TDCを適用することは,しばしば,発見の不均衡なリストを生じるが,そこでは,いくつかのグループが,比較的多くの偽発見を含み,他のグループは比較的少ない。一方,各グループに別々にTDCを適用する代替アプローチはFDRを厳密に制御しない。与えられたグループ構造を考慮しながら,ターゲット-デコイ/ノックアウト設定におけるFDRを制御する手順であるグループウォークを開発した。グループウォークは,最近開発したAdaPTから,サイド情報を有するFDRを制御するための一般的なフレームワークから導かれる。模擬および実際のデータセットを用いて,異なる特徴グループウォークを持つグループに自然分割された場合,いくつかの場合において一貫した電力利得を配信できることを示した。これらのグルーピングは前駆体電荷状態(1%FDR閾値で4%以上の発見ペプチド),ペプチド長(3.6%増加)及び修飾による質量差(26%増加)を含む。群歩道は,https://cran.r project.org/web/packages/groupwalk/index.htmlで利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

蛋白質・ペプチド一般 , 分子・遺伝情報処理 , 有機化合物の各種分析 , 数値計算

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