メタトランクリプトミクスは沿岸海洋環境の夏季における微生物群集組成および機能のシフトを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Sutherland, B. J. G.; Finke, J. F.; Saunders, R.; Warne, S.; Schulze, A. D.; Strohm, J. H. T.; Chan, A. M.; Suttle, C. A.; Miller, K. M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202432505290 整理番号：22P0313060

メタトランクリプトミクスは沿岸海洋環境の夏季における微生物群集組成および機能のシフトを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Metatranscriptomics reveals a shift in microbial community composition and function during summer months in a coastal marine environment

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発行年： 2022年08月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年08月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

温帯沿岸海水は春から秋まで熱的に成層するが,潮流と風駆動湧昇によって動的で破壊される。これらの混合事象は,CO_2(pCO_2)の高い分圧と,その表面への関連する微生物群落を有する,より深く,より冷たい水を導入する。偶然に,これらの事象は貝類孵化場と農場に影響し,環境過程に関連した海洋微生物群集の構成と活性の変化の理解を正当化する。非生物的因子に関連する組成と機能的変化の両方を特性化するために,ここでは,代表的な季節にわたってGeorgia海峡から参照メタトランクリプトームを生成し,6月から10月までの英国コロンビアの貝類孵化場で異なるpCO_2レベルを含む摂取水中に存在する微生物のメタトランスクリプトームプロファイルを分析した。研究した非生物的因子は,pH,温度,アルカリ度,アラゴナイト,方解石およびpCO_2を含む。群集組成変化は広い分類レベルで生じ,特に温度とpCO_2で変化することが観察された。機能的遺伝子発現プロファイルは,ウイルス活性と関連した初期(6月~7月)と晩夏(8月~10月)の間の強い差異を示した。分類学的データは,これは後期季節におけるウイルス溶解によるシアノバクテリアと植物プランクトンブルームの終結に起因することを示唆する。機能分析は,時間効果より非生物的変数(例えばpCO2)と関連したより少ない差次的発現転写物を示した。これらの水中の微生物組成と活性は,季節にわたって観測された長期効果と同様に,非生物的変化と共に観測された短期効果によって変化した。環境RNA(eRNAメタトランクリプトミクス)による同じサンプルにおける分類学と機能的遺伝子発現の解析は,分離のどちらよりも水域を監視するためのより包括的な見解を提供した。【JST・京大機械翻訳】

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生態系 , 微生物の生態

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