RNAの存在と不在下におけるTDP-43RRMの分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Scott, D.; Mowrey, D.; Nagarajan, K.; Francois-Moutal, L.; Nair, A.; Khanna, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202456136237 整理番号：22P0318300

RNAの存在と不在下におけるTDP-43RRMの分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Molecular Dynamics simulation of TDP-43 RRM in the presence and absence of RNA

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (6件)： , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年03月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月16日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

プリオン傾向TAR DNA結合蛋白質(TDP)-43の構造的特性化は,その本質的に無秩序領域が全蛋白質の15~30%を占めるので,挑戦的である。TDP-43は,N末端ドメイン,2つのRNA認識モチーフ(RRM1およびRRM2)およびC末端ドメインを有する核酸結合蛋白質である。本研究では,TDP-43 RRMドメインのアポ構造上の可能な新しい標的部位を定義することを試みた。そのため,アポ構造を予測するために,RNAに結合したTDP-43RRM1-2構造に関する分子力学(MD)シミュレーションを用いた。TDP-43の接触分析は,個々のドメインの完全性がRNA除去で維持されたが,ドメイン間接触の減少が観察されたことを示した。さらに,MDから得たアポTDP-43構造を,TDP-43構造を予測し,ループ領域の違いを見出した。サイトマップ解析により,NMRにより解明されたRNA結合構造に対する5つの薬物可能部位を同定したが,MDシミュレーションおよびAF2予測アポ構造に従って,より少ない部位を同定した。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , ,
, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子構造 , 遺伝子発現

前のページに戻る