単一分子FRETトラジェクトリーからの速度論的速度定数の推論  速度論的解析ツールのブラインドベンチマーク【JST・京大機械翻訳】

Goetz, M.; Barth, A.; Bohr, S. S.- R.; Boerner, R.; Chen, J.; Cordes, T.; Erie, D. A.; Gebhardt, C.; Hadzic, M. C. A. S.; Hamilton, G. L.; Hatzakis, N. S.; Hugel, T.; Kisley, L.; Lamb, D. C.; de Lannoy, C.; Mahn, C.; Dunukara, D.; de Ridder, D.; Sanabria, H.; Schimpf, J.; Seidel, C. A. M.; Sigel, R. K. O.; Sletfjerding, M. B.; Thomsen, J.; Vollmar, L.; Wanninger, S.; Weninger, K. R.; Xu, P.; Schmid, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202707649425 整理番号：21P0273493

単一分子FRETトラジェクトリーからの速度論的速度定数の推論速度論的解析ツールのブラインドベンチマーク【JST・京大機械翻訳】

Inferring kinetic rate constants from single-molecule FRET trajectories - a blind benchmark of kinetic analysis tools

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資料名：
発行年： 2022年03月21日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月21日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

単一分子FRET(smFRET)は,蛍光シグナルとしてナノスケール運動を検出するので,生体分子の動力学と機能を研究するための汎用技術である。しかし,smFRETデータからの定量的速度論情報を推論する強力な能力は,実験的限界によって複雑である。多様な解析ツールは,これらのハードルを克服するために開発されたが,系統的な比較は不足している。ここでは,smFRET軌跡から速度論的速度定数を推論するために使用される11の分析ツールを評価するブラインドベンチマーク研究の結果を報告する。smFRET実験の解析において遭遇する最も顕著な困難を含む模擬および実験データに対して,異なるノイズレベル,様々なモデル複雑性,非平衡動力学および速度論的不均一性を試験した。著者らの結果は,smFRET軌跡からの動力学的情報の推定における現在の強度および限界を強調する。さらに,定量的実験導出モデルによる生体分子動力学の理解を深めるために,コンクリート推奨を定式化し,将来の開発のための重要な目標を同定した。【JST・京大機械翻訳】

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光化学一般 , 核酸一般 , 酵素一般

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単一分子FRETトラジェクトリーからの速度論的速度定数の推論 速度論的解析ツールのブラインドベンチマーク【JST・京大機械翻訳】

単一分子FRETトラジェクトリーからの速度論的速度定数の推論速度論的解析ツールのブラインドベンチマーク【JST・京大機械翻訳】