抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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【背景】細胞生物学的過程の計算モデリングは,根底にある機構を分析し,一般的に,経路,ネットワークまたは全細胞の文脈において,これらの過程の挙動を理解するのに,頻繁に使用される技術である。この文脈における最も一般的な技術は,機構的詳細における関連プロセスの速度論を記述する常微分方程式(ODE)の使用である。ここで,通常,細胞の内容はよく撹拌され,従って,均一であると仮定されるが,これは,しばしば,過去で働いている。しかし,多くのプロセスは膜で生じ,2Dでは3Dでは起こらない。これらのプロセスの速度のスケーリングは,もし区画の体積が変化するならば,特別な問題を提起する。それらは典型的には面積でスケールするが,含まれるコンパートメントの体積とは関係しない。しかし,一般に,モデルおよび/または体積スケーリングを設定するとき,これは,現場におけるモデリングソフトウェアを使用するとき,時々自動的に発生する。結果:ここでは,誤ったスケーリングのインパクトがシミュレーションの成果に対してどのように強いかを発見するために,一般的で現実的なケースと同様に,一般的で現実的なケースを調査する。正しい領域スケーリングの重要性は,反応サイトのアーキテクチャと体積変化によるその変化に依存し,もしそれが,元のモデルセットアップを探すことによって,かなり影響するか,あるいは,そうでないならば,予見するのは難しいことを示した。さらに,スケールレートは,システムの挙動に対して,より多くの制御またはより少ない制御を示し,従って,不正確なスケーリングは,より影響が少ないであろう。結論:マルチコンパートメント反応による作業は,関係する区画の体積を変えるとき,速度の正しいスケーリングの注意深い考慮を必要とする。各区画の体積によるスケーリングによって行われる不正確なスケーリング後の誤差は,モデル挙動の著しい異常をもたらす。【JST・京大機械翻訳】
