抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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今日まで,配列アラインメントの基本的可視化は,ヌクレオチド,またはアミノ酸,関連頻度要約と共に残基,の部位当たりのカラムの表示に集中している。マッピングされた読取データの視野のために設計されたより最近のツールへのこの傾向の持続性は,そのような視点が,サイトごとの変化の信頼できる可視化を提供するだけでなく,データアクセシビリティに関して,エンドユーザに暗黙的な再保険を提供することを示した。しかし,得られた最初の洞察は,地理的位置,日付,およびサブタイプのような異なる因子を表す多くの配列からなるアラインメントを見たとき,特に真実である。基本的なアラインメントビューアは,複雑なシーケンス解析の現実感に陥らず,視覚増強を通して初期洞察を増加させる可能性がある。ここでは,アラインメントの異なる領域にわたって存在する多様性の要約に基づく動的ネットワークの取り込みを通して,残基のパーサイト表現に広がる可視化器であるCViewを提示した。ネットワークノード内では,配列に沿って連続的に配置されたシーケンス断片のクラスタ化に基づく。エッジは隣接窓のノードの間に配置され,配列idsを共有する。このように,単一ノードがネットワーク上で選択されるならば,次に,そのノードを通して通過するすべてのシーケンスが,アラインメント内の多様性の他の領域を有することを,経路の追跡を通して瞬時に観察することができた。視覚洞察の強化に加えて,CViewは,変異要約,パーサイト残基およびkmer周波数マトリックス,コンセンサス配列生成,アラインメント解離および一般的配列クラスタリングを含む多くの輸出特徴を提供し,その各々は,研究領域の範囲にわたって有用である。ソフトウェアは,ユーザフレンドリーで,直感的で,対話型であるように設計した。ソースコードと共に,迅速なスタートガイドと試験データは,ソースForgeプロジェクトページ:https://sourceforge.net/projects/cview/を通して利用可能である。【JST・京大機械翻訳】
