MACREL:ゲノムおよびメタゲノムにおける抗菌ペプチドスクリーニング【JST・京大機械翻訳】

Santos-Junior, C. D.; Pan, S.; Zhao, X.-M.; Coelho, L. P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202864852820 整理番号：22P0221827

MACREL:ゲノムおよびメタゲノムにおける抗菌ペプチドスクリーニング【JST・京大機械翻訳】

MACREL: antimicrobial peptide screening in genomes and metagenomes

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発行年： 2020年07月16日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年07月16日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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モチベーション抗微生物ペプチド(AMP)は,臨床的および非臨床的状況の両方で多剤耐性病原体に取り組む可能性を有する。ゲノムとメタゲノムの利用性における最近の成長は,新しいAMP分子のin silico予測の機会を提供する。しかし,これらのペプチドの小さいサイズのため,標準遺伝子探査法はこのドメインには適用できず,代替アプローチが必要である。特に,標準遺伝子予測法は短いペプチドに対して低い精度を有し,相同性による機能的分類は,低い再現率をもたらす。(メタゲノムAMP分類と検索のための)Macrel(メタゲノムAMP分類と検索)を提示し,それは(メタ)ゲノムからの高品質AMP候補の展望のためのエンドツーエンドパイプラインである。このため,22のペプチド特徴の新しいセットを紹介した。これらを用いて,ペプチドの抗微生物作用および溶血活性の両方の予測における最先端技術と同様の分類器を構築したが,精度の向上(標準ベンチマークおよび厳密な試験領域)を用いた。著者らは,Macelが現実的なシミュレーションと実際のデータを用いて高品質AMP候補を回復させることを示した。アベイラビリティMacrelをPython3に実装した。それは,https://github.com/BigDataBiology/macrelとバイオコンダを通してのオープンソースとして利用可能である。ペプチドの分類またはコンティグにおけるAMPの予測も,ウェブサーバ:http://big data biology.org/software/macrel上で行うことができる。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学

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