物理学に基づく蛋白質設計のためのプロテウスソフトウェア【JST・京大機械翻訳】

Mignon, D.; Druart, K.; Opuu, V.; Polydorides, S.; Villa, F.; Gaillard, T.; Michael, E.; Archontis, G.; Simonson, T.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202904547600 整理番号：22P0240354

物理学に基づく蛋白質設計のためのプロテウスソフトウェア【JST・京大機械翻訳】

Proteus software for physics-based protein design

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発行年： 2020年07月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年07月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

物理学に基づく蛋白質設計のための方法とソフトウェアについて述べた。折畳み状態エネルギーは一般化Born溶媒と分子力学を結合した。配列および立体配座空間を,1つまたは2,3の固定蛋白質骨格構造および離散側鎖回転異性体を仮定して,Replica交換モンテカルロでサンプリングした。全蛋白質設計と酵素設計を例証として提示した。3つのPDZドメインの完全な再設計を,単純,経験的,非折畳み状態モデルを用いて行った。デザインされた配列は,自然のものと非常に類似していた。酵素再デザインは,基質結合,反応速度,触媒効率,またはこれらの特性の特異性を直接標的化する設計を可能にする強力で適応的で重要なサンプリングアプローチを利用した。チロシル-tRNAシンテターゼ立体特異性の再設計を例として報告した。関心の競争を競争することは,競合する興味を宣言していない。View Full Text【JST・京大機械翻訳】

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分子構造

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