単一細胞RNA-Seq(scDaPars)からのオルタナティブポリアデニル化の動的解析は遺伝子発現解析に見えない細胞亜集団を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Li, W.; Gao, Y.; Li, L.; Amos, C. I.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202202963458718 整理番号：22P0248719

単一細胞RNA-Seq(scDaPars)からのオルタナティブポリアデニル化の動的解析は遺伝子発現解析に見えない細胞亜集団を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Dynamic Analysis of Alternative Polyadenylation from Single-Cell RNA-Seq(scDaPars) Reveals Cell Subpopulations Invisible to Gene Expression Analysis

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発行年： 2020年09月24日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年09月24日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

代替ポリアデニル化(APA)は,細胞増殖および分化を含む各種の細胞過程における転写後調節の主要な機構であるが,単一細胞の間のAPA不均一性は,大部分が不明のままである。単細胞RNA配列決定(scRNA-seq)は,転写レベルで細胞亜集団を定義するために広く使用されている。しかし,ほとんどのscRNA-seqデータは”APA認識”様式で分析されていない。ここでは,標準scRNA-seqデータを用いて,単一細胞及び単一遺伝子分解能の両方でAPA事象を正確に定量するためのバイオインフォマティクスアルゴリズムであるscDaParsを導入した。実および模擬データの両方の検証は,scDaPasが単一細胞で配列決定された低量のmRNAに起因する欠損APA事象をロバストに回復できることを示した。癌およびヒト内胚葉分化データに適用した場合,scDaPasは細胞型特異的APA調節を明らかにしただけでなく,他の遺伝子発現解析に見えない細胞亜集団を同定した。したがって,scDaParsは転写後APAレベルで細胞不均一性を理解することを可能にする。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理 , 細胞学一般 , 核酸一般 , 遺伝子の構造と化学

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