近傍GWAS:フィールド植食性のゲノムワイド関連研究への隣接遺伝子型アイデンティティの導入【JST・京大機械翻訳】

Sato, Y.; Yamamoto, E.; Shimizu, K. K.; Nagano, A. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202203056337710 整理番号：22P0259636

近傍GWAS:フィールド植食性のゲノムワイド関連研究への隣接遺伝子型アイデンティティの導入【JST・京大機械翻訳】

Neighbor GWAS: incorporating neighbor genotypic identity into genome-wide association studies of field herbivory

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発行年： 2020年10月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年10月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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野外研究数の増加は,個々の植物の表現型が,その遺伝子型だけでなく,近隣植物のそれらにも依存することを示した。しかし,この事実はゲノムワイド関連研究(GWAS)では考慮されていない。強磁性のIsingモデルに基づいて,著者らは”Neighbor GWAS”と名付けられた回帰モデルに近隣の遺伝子型同一性を組み込んだ。著者らのシミュレーションは,隣接効果による表現型変異の割合(PVE)がピークに達する時から,観察された表現型を用いて隣接効果の有効範囲を推定することができることを示した。第1最近傍の空間スケールは,それらの有効範囲が広すぎる限り,隣接効果の原因となる原因変異体を検出する最大電力を与えた。しかし,隣接効果の有効範囲が広く,マイナーな対立遺伝子頻度が低いならば,自己と隣接効果の間に共線性があった。隣接効果の偽陽性検出を抑制するために,隣接効果に含まれる固定効果と分散成分を標準GWASモデルと比較して試験すべきである。Arabidopsis thaliana(シロイヌナズナ)の199のアクセッションから圃場草食データに近隣のGWASを適用し,隣接効果が標準GWASよりも観察された損傷のPVEの8%以上を説明した。隣接GWAS法は,空間的に構造化された環境における複雑な形質の分析を容易にする新しいツールを提供し,CRAN(https://cran.rproject.org/package=rNeighborGWAS)でのRパッケージとして利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝学研究法 , 遺伝的変異

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