DiSiR:単一細胞RNAシークエンシングデータからのサブユニットレベルでのリガンド-受容体相互作用を同定するためのソフトウェアフレームワーク【JST・京大機械翻訳】

Rafiee Vahid, M.; Kurlovs, A.; Auge, F.; Olfati-Saber, R.; de Rinaldis, E.; Rapaport, F.; Savova, V.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202203089330702 整理番号：22P0319214

DiSiR:単一細胞RNAシークエンシングデータからのサブユニットレベルでのリガンド-受容体相互作用を同定するためのソフトウェアフレームワーク【JST・京大機械翻訳】

DiSiR: a software framework to identify ligand-receptor interactions at subunit level from single-cell RNA-sequencing data

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (7件)： , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年03月27日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月27日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細胞-細胞相互作用とクロストークの大部分はリガンド-受容体相互作用により仲介される。単一細胞RNA配列決定(scRNA-seq)技術の出現は,単一細胞レベルでの組織不均一性の特性化を可能にした。近年,scRNA-seqデータを用いた細胞型レベルでのリガンド-受容体相互作用を研究するためのいくつかの方法が開発されている。しかし,標的方法で特異的ユーザ定義シグナル伝達経路の活性を問い合わせ,異なる受容体複合体の一部として異なるリガンドと同一サブユニットとの相互作用をマップする簡単な方法はまだない。ここでは,リガンド-受容体相互作用の利用可能な湾曲データベースだけでなく,これらデータベースに記載されていない相互作用に対しても,scRNA-seqデータからの多サブユニットリガンド活性化受容体のシグナリング経路を解析することにより,個々の細胞が互いに相互作用するかを検討するため,DiSiR,高速かつ使い易い置換に基づくソフトウェアフレームワークを示した。金標準データセット上のメラノーマ疾患マップを推論するために,DiSiRは,他のよく知られた置換ベースの方法,例えばCellPhoneDBとICELLNETより優れていることを示した。データの探索および生物学的に適切な仮説の生成におけるDiSiRsの有用性を実証するために,著者らはそれをCOVID肺および関節リウマチ(RA)滑膜scRNA-seqデータに適用し,対照対疾患サンプルに対する細胞型レベルでの炎症経路間の潜在的差異を強調する。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , , , ,
, , , 【Automatic Indexing@JST】

細胞学一般 , 遺伝子の構造と化学

, , , , , ,

前のページに戻る