COVID-19の神経症状に関連する候補遺伝子: 複数のコンピューターアプローチを用いたMeta分析【JST・京大機械翻訳】

Hazra, S.; Ghosh Chaudhuri, A.; Tiwary, B. K.; Chakrabarti, N.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202203278476823 整理番号：22P0330940

COVID-19の神経症状に関連する候補遺伝子: 複数のコンピューターアプローチを用いたMeta分析【JST・京大機械翻訳】

Candidate genes associated with neurological manifestations of COVID-19: Meta-analysis using multiple computational approaches

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発行年： 2022年04月11日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月11日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

COVID-19はある種の神経症状を発症し,その分子病態生理は不明瞭である。本研究では,2つのネットワークを構築し,それらのハブ-ボトルネックとドライバーノードを,それらを「標的遺伝子」として,次いで「候補遺伝子」を同定し,そして,COVID-19の神経表現型とのそれらの関連を確認するために評価した。入力としてCOVID-19の文献ベースの神経症状を用いて,トリパルタイトネットワークを最初に構築した。次いで,遺伝子に対するペアワイズ相互情報を用いて,COVID-19患者の前頭皮質のRNA配列データから共発現遺伝子を同定するために,質問遺伝子としてそれを評価した標的遺伝子を用いた。「結合遺伝子ネットワーク」(CGN)を,COVID-19で共発現したTNと225の遺伝子から選択した189の遺伝子で構築した。ネットワークとそれぞれのネットワークにおけるそれらの接続遺伝子の両方から評価した合計44の「標的遺伝子」を,ペアワイズの「意味類似性スコア」(SSS)を測定して機能的に分析し,一組の遺伝子に対するエンリッチアノテーション項を見つける。SSSとSTRINGベースの「複合スコア」を用いて,新しい統合「加重調和平均スコア」を定式化し,CGNの「不必要なドライバーノード」として,それらの性質を有する21の「カジダート遺伝子」を提供する「標的遺伝子」間の21の遺伝子対を選択した。最後に,7つの一般的な候補遺伝子(ADAM10,ADAM17,AKT1,CTNNB1,ESR1,PIK3CA,FGFR1)を提供する6つの対は,腫瘍/癌,細胞シグナリング,神経変性および神経発達疾患の下で,神経表現型との直接結合を示した。行動/認知および運動機能障害下の他の表現型は,他の候補遺伝子を介して,前者の遺伝子と間接的関連を示した。COVID-19における神経症状のより良い解釈のために,「前価候補遺伝子」の病態生理を議論した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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