推定エンハンサー様要素の同定はプラナリア成体幹細胞において活性ネットワーク活性を予測する【JST・京大機械翻訳】

Neiro, J.; Sridhar, D.; Dattani, A.; Aboobaker, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202203364750598 整理番号：22P0314338

推定エンハンサー様要素の同定はプラナリア成体幹細胞において活性ネットワーク活性を予測する【JST・京大機械翻訳】

Identification of putative enhancer-like elements predicts regulatory networks active in planarian adult stem cells

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発行年： 2022年08月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年08月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

プラナリアは,再生と幹細胞を研究するための確立されたモデル系になっているが,ゲノムにおける調節要素は,ほとんど完全には記述されていない。ここでは,エピジェネティックおよび発現データを統合することにより,再生を駆動する成体幹細胞集団において活性のあるエンハンサー要素を予測する証拠の多重源を使用した。ChIP-seqデータを用い,エンハンサー同一性と活性と一致するヒストン修飾の領域を同定し,ATAC-seqデータを用い,アクセス可能なクロマチンを同定した。これらのシグナルの重複は,プラナリア成体幹細胞で活性であると予測される一連の高信頼候補エンハンサーの同定を可能にした。これらのエンハンサーは,プラナリア成体幹細胞で発現するTFおよびTFファミリーに対する予測転写因子(TF)結合部位に富んでいる。フットプリント分析は,これらの潜在的TF結合部位が成体幹細胞で潜在的に占有されているという更なる証拠を提供した。幹細胞における転写因子の調節機能に対する試験可能な仮説を構築するために,これらの解析を統合し,多能性がどのように調節されているか,そして系統分化プログラムがどのように制御されているかに関して検討した。著者らが予測したGRNsは,既存のTF RNAi/RNA-seqデータセットにより独立して支持され,我々の研究が成体幹細胞と再生機構を調節する活性エンハンサーを予測する更なる証拠を提供した。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現

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