トランスクリプトームデータの大量分析による脂肪組織のハウスキーピング遺伝子発現における性Biasの評価【JST・京大機械翻訳】

Guaita-Cespedes, M.; Grillo-Risco, R.; Hidalgo, M. R.; Fernandez-Veledo, S.; Gomez-Cabanes, B.; Anton-Bernat, G.; Gomez-Martinez, H.; Burks, D. J.; de la Iglesia-Vaya, M.; Galan, A.; Garcia-Garcia, F.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202203848073388 整理番号：22P0028873

トランスクリプトームデータの大量分析による脂肪組織のハウスキーピング遺伝子発現における性Biasの評価【JST・京大機械翻訳】

Assessment of Sex Bias in Housekeeping Gene Expression in Adipose Tissue Through the Massive Analysis of Transcriptomics Data

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発行年： 2023年01月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2023年01月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

必須細胞機能の維持に一般的に関与するハウスキーピング遺伝子(HKG)は,典型的には細胞型にわたって一定の発現レベルを示すと考えられているので,それらは遺伝子発現研究における内部制御として一般的に採用されている。それにもかかわらず,複数の研究は,すべてのHKGが細胞や組織を通して安定な発現を示さず,種々の健康および病的条件下で,系統的誤差を実験結果に導入できることを示している。各研究条件に対する対照としてのHKGの選択と検証は,得られた結果の妥当性を確実にする重要な段階を表す。しかし,現在まで,性は通常生物学的変数として考慮されていない。本研究では,6つの古典的HKG(4つの代謝:GAPDH,HPRT,PPIA,およびUBC,および2つのリボソーム:18SおよびRPL19)の発現プロファイルを評価し,ホモサピエンスおよびハツカネズミの脂肪組織における発現安定性を測定し,性バイアスおよび内部対照としてのそれらの全体的適合性を調べた。また,遺伝子発現Omnibusデータベース(GEO)から利用可能な異なる全転写マイクロアレイに含まれる遺伝子の安定発現を評価し,内部対照としての使用に適した性非バイアスHKGを同定した。mRNA発現安定性における性的二形性を記述するための性に基づく解析を行う。メタ分析技術に基づく新しい計算戦略は,特定の古典的HKGが,変数として性を考慮するヒト脂肪組織(HAT)を分析するとき,制御として適切に機能できないことを証明した。広く使用された18S遺伝子は,PPIAとRPL19はそうでないので,脂肪組織の性に基づく変動性を示す。RPS8およびUBBのような性特異的発現プロファイルに由来する新規性非バイアスヒトおよびマウスHKG(suHKG)を提案した。本研究で生成されたすべての結果は,更なる研究における相談と再利用のためにオープンウェブ資源(https://bioinfo.cipf.es/metafun HKG)にアクセスすることによって容易に利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 遺伝学研究法

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