SARS-CoV-2の異なる変異は重度および軽度の転帰と関連する【JST・京大機械翻訳】

Nagy, A.; Pongor, S.; Gyorffy, B.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204080241720 整理番号：22P0270974

SARS-CoV-2の異なる変異は重度および軽度の転帰と関連する【JST・京大機械翻訳】

Different mutations in SARS-CoV-2 associate with severe and mild outcome

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発行年： 2020年10月20日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年10月20日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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ウイルスゲノムにおける導入Geomic変化は,より良いまたはより悪い結果を生じることができ,これらの変異の同定は,最も重要である。ここでは,SARS-CoV-2ウイルスの蛋白質レベルの変異を臨床転帰に関連させた。【方法】GISAIDウイルスリポジトリからのウイルス配列の突然変異を,参照として「hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019」を用いて評価した。患者転帰は,軽度疾患,入院および重症疾患(集中治療室における死亡または文書治療)として分類された。カイ二乗検定を適用して,各突然変異と患者転帰の間の関連を調べた。偽発見率は,複数の仮説試験を修正するために計算され,5%のFDRカットオフを通過した結果は,有意として受け入れられた。【結果】2,120の非サイレント突然変異のアミノ酸変化に,突然変異をマッピングした。軽度転帰と相関する変異は,ORF8,NSP6,ORF3a,NSP4,およびヌクレオカプシドリン蛋白質Nに位置した。劣った結果に関連した突然変異は,ORF3a,NSP2およびNにおいて,3から5エキソヌクレアーゼにおいてRNA依存性RNAポリメラーゼにおいて,表面(S)糖蛋白質に位置した。表面(S)糖蛋白質およびNSP7において,低い罹患率で重度の結果をもたらす変異が見られた。Nの10アミノ酸長リン酸化伸長にマップされた最も重要な変異のうちの17のうち5つは,明白なサンプリング制限にもかかわらず,このアプローチがウイルスゲノムにおいて機能的に関連する部位を見つけることができることを示す。結論:ウイルス遺伝子の変異が臨床転帰と直接相関する可能性を示した。本結果は,重症転帰に関連する変異を有するSARS-CoV-2感染を迅速に同定するのに役立つ。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

感染症・寄生虫症一般 , 分子遺伝学一般 , 消化器の疾患 , ウイルスの形態学,分類学 , ウイルスの生化学

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