メタゲノム集合ゲノムの汎ゲノミクスの批判的評価【JST・京大機械翻訳】

Li, T.; Yin, Y.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204087439282 整理番号：22P0032531

メタゲノム集合ゲノムの汎ゲノミクスの批判的評価【JST・京大機械翻訳】

Critical assessment of pan-genomics of metagenome-assembled genomes

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (2件)： ,
資料名：
発行年： 2022年01月15日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月15日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】メタゲノム集合ゲノム(MAGs)を発生させるための大規模メタゲノムアセンブリとビンニングは,過去5年において可能になった。結果として,数百万のMAGが生産され,パンゲノムワークフローにますます含まれている。しかし,MAGのパンゲノム分析は,誤集合と誤結合により,MAG:フラグメンテーション,不完全性,および汚染による既知の課題に悩まされる可能性がある。ここでは,完全細菌ゲノムと模擬MAGのパンゲノム解析結果を比較することにより,パンゲノム解析におけるMAGを含む重要な評価を行った。【結果】不完全性はフラグメンテーションよりも有意なコア遺伝子損失をもたらすことを見出した。汚染はコアゲノムサイズにほとんど影響しなかったが,アクセサリーゲノムには大きな影響を及ぼした。コア遺伝子損失は,異なるパンゲノム分析ツールを用い,MAGと完全ゲノムの混合物を用いた場合に残った。重要なことに,コア遺伝子欠損は,コア遺伝子閾値を低下させ,断片化遺伝子を考慮する遺伝子予測アルゴリズムを用いて部分的に緩和されたが,不完全性が5%より高い場合,より少ない程度であった。コア遺伝子損失も不正確な汎ゲノム機能予測と不正確な系統樹をもたらした。【結論】著者らは,メタゲノムモード(ProdigalによるAnvio)におけるコア遺伝子閾値と予測遺伝子の低下が,精度損失を軽減するためにMAGsの汎ゲノム解析に必要であると結論する。MAGsのより良い品質管理とMAGsのために特別に設計された新しいパンゲノム解析ツールの開発が将来の研究に必要である。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , ,
, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

, , , ,

前のページに戻る