マラウイ,Lilongweの第三紀紹介センターからの大腸菌分離株のゲノム疫学【JST・京大機械翻訳】

Tegha, G.; Ciccone, E.; Krysiak, R.; Kaphatika, J.; Chikaonda, T.; Ndhlovu, I.; van Duin, D.; Hoffman, I.; Juliano, J. J.; Wang, J. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204111254914 整理番号：22P0235866

マラウイ,Lilongweの第三紀紹介センターからの大腸菌分離株のゲノム疫学【JST・京大機械翻訳】

Genomic Epidemiology of Escherichia coli Isolates from a Tertiary Referral Center in Lilongwe, Malawi

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発行年： 2020年05月22日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年05月22日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

抗菌剤耐性(AMR)は,サハラ以南アフリカを含む世界的な脅威である。しかし,地域における耐性細菌の遺伝学についてはほとんど知られていない。マラウイでは,ほとんどの経験的に使用されている抗菌剤に対する抗菌剤耐性の増加に関する懸念が高まっている。広域スペクトル{β}-ラクタマーゼblaCTX-M-15と関連する高薬剤耐性大腸菌配列型(ST)131は世界的に罹患率が増加している。南マラウイの2006-2013年に採取した分離株からの以前のデータは,国のST131とblaCTX-M-15遺伝子の存在を示した。方法:2012~2018年に集めた中央マラウイの三次医療センターであるカムズ中央病院における58の臨床大腸菌分離株の全ゲノム配列決定(WGS)を行った。Oxford Nanopore Technologies(ONT)配列決定を用い,Malawiで実施した。ST131は,より一般的(14.9%が32.8%まで増加)になり,blaCTX-M-15遺伝子がより高い頻度(21.3%増加44.8%)で生じることを示した。系統発生は,分離株が中央と南部の地理的地域の間で高度に関連しており,ST131分離株が最近の拡大と一致する単一グループに含まれることを確認した。blaCTX-M-15を含む全AMR遺伝子は配列型にわたって広く分布していた。また,ST410分離株数の増加も同定し,本研究では,blaCTX-M-15よりも高頻度でblaCTX-M-15遺伝子のプラスミド配置コピーをST131で発生させる傾向があった。本研究は,MalawiにおけるST131の膨張性とblaCTX-M-15遺伝子の広範な分布を確認した。また,最小インフラストラクチャを必要とするナノポアプラットフォームを用いて,サイト上で行われた配列決定による重要な細菌の縦のゲノム疫学研究の実施の実現可能性を強調した。DATA SUMMARYは,この解析に用いた配列決定データは,公開データリポジトリで利用可能である。使用した配列に関する情報を補足表2に提供した。【JST・京大機械翻訳】

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感染症・寄生虫症一般 , 微生物生理一般 , 微生物感染の生理と病原性 , 遺伝子の構造と化学 , 細菌による動物の伝染病

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