有機化合物の溶媒和と蛋白質への結合のための正確な自由エネルギー法【JST・京大機械翻訳】

Tayfuroglu, O.; Yildiz, M.; Pearson, L. W.; Kocak, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204143105856 整理番号：22P0236283

有機化合物の溶媒和と蛋白質への結合のための正確な自由エネルギー法【JST・京大機械翻訳】

An Accurate Free Energy Method for Solvation of Organic Compounds and Binding to Proteins

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発行年： 2020年05月28日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年05月28日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ここでは,単一端状態分子動力学シミュレーション軌跡を用いて自由エネルギーを推定する新しい戦略を導入した。この方法は,原子シミュレーション環境(ASE)のためにANI-1ccxニューラルネットワークポテンシャル(Machine Learning)から採用され,分子動力学(MD)シミュレーションでサンプリングされた全配置空間に対するCCSD(T)/CBSレベルの精度で単一点エネルギーを予測する。著者らの予備的結果は,この方法が,非常に減少した計算コストで,Bennet-Acceptance-Ration(BAR)と同じくらい正確であることを示した。小さな有機化合物の溶媒和自由エネルギーの計算を可能にするだけでなく,配位子-蛋白質複合体系における絶対及び相対結合自由エネルギーの予測も可能である。迅速な計算も,薬物標的に対する強力な阻害剤としてデータベースから小さな有機分子をスクリーニングすることを可能にした。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 酵素一般 , 物理化学一般 , 酵素製剤・酵素阻害剤の基礎研究

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